婴儿便秘的原因之一：饮食不足
如果家长喂养不当引起婴儿进食不足时，食物经过消化后液体吸收余渣少，可引起婴儿大便减少、变稠。奶中糖量不足时肠蠕动弱，可使大便干燥。饮食不足时间较久引起营养不良，腹肌和肠肌张力减低，甚至萎缩，收缩力减弱，形成恶性循环，加重了婴儿便秘。
婴儿便秘的原因之二：食物成分不当
食物成分与大便性质关系密切。如食物中含大量蛋白质，而碳水化物不足，肠道菌群继发改变，肠内容发酵过程少，大便易呈碱性，干燥；如食物中含较多的碳水化物，肠道发酵菌增多，发酵作用增加，产酸多，大便易呈酸性，次数多而软；如食入脂肪和碳水化物都高，则大便润利。如进食大量钙化酪蛋白，粪便中含多量不能溶解的钙皂，粪便增多，且易便秘。碳水化物中米粉、面粉类食品较谷类食品易于便秘。小儿偏食，许多小儿喜食肉类，少吃或不吃蔬菜，食物中纤维素太少，也易发生便秘。
婴儿便秘的原因之三：肠道功能失常
如果婴儿没有养成规律的生活习惯和缺乏按时排便的训练，未形成排便的条件反射也是引起便秘的常见原因。另外，学龄儿童常因无清晨大便的习惯，而学习时间不能随时排便，上课时憋住大便也是导致便秘的常见原因。常用泻剂或灌肠，缺少体力活动，或患慢性病如：营养不良、佝偻病、高钙血症、皮肌炎、呆小病及先天性肌无力等，都因肠壁肌肉乏力、功能失常而便秘。交感神经功能失常、腹肌软弱或麻痹也常使大便秘结。服用某些药物可使肠蠕动减少而便秘，如抗胆碱能药物、抗酸剂、某些抗惊厥药、利尿剂以及铁剂等。
婴儿便秘的原因之四：体格与生理的异常
婴儿患有某些疾病，如肛门裂、肛门狭窄、先天性巨结肠、脊柱裂或肿瘤压迫马尾等都可能引起婴儿便秘。应进行肛门指检、下部脊柱和会阴部检查。有的患儿生后即便秘，如有家族史，可能和遗传有关。
婴儿便秘的原因之五：精神因素
某些婴儿遭受到突然的精神刺激，或者是环境和生活习惯的突然改变均可引起婴儿短时间的便秘。