通常胎儿和新生儿对缺氧的耐受力比成人强，短时间的缺氧而引起轻度窒息，一般是不会留下新生儿窒息后遗症的。如果缺氧的时间持续比较长的话，达到半小时，甚至几小时以上，脑组织缺氧受损非常严重的新生儿，可产生程度不同程度的脑神经系统新生儿窒息后遗症，比如智力低下、瘫痪、肢体强直、癫痫以及生长发育迟缓等。另外肺出血、脑白质梗塞、肾衰竭、缺氧缺血性心肌病、坏死性小肠结肠炎、低血糖、低血钙或低钠血症等都是新生儿窒息的一些并发症。

新生儿出生时轻度窒息大部分情况下不会有后遗症，但是极少部分情况下可能会留下后遗症。新生儿轻度窒息一般很少会导致脑细胞发生不可逆损伤，尤其是及时进行新生儿窒息复苏的情况下。但是如果缺氧时间比较长，尤其是超过五分钟的情况下，可能会损伤脑细胞，留下后遗症。

新生儿窒息会对大脑造成损害，新生儿窒息的危害可能是由大脑缺氧引起的。轻微的副作用包括：智力下降、肌肉紧张、反应迟缓、生长阻塞等。当出现抽筋、癫痫、脑瘫等症状时，会有更大的副作用。新生儿窒息现象，需要立即去医院，做头部CT、头颅磁共振等相关检查，以确认新生儿的室息。