阴茎表皮或是内部疼痛可不是什么好玩的事，问问那些曾经有过这种症状的人就知道。造成阴茎疼痛的主要原因就是各种外伤、以及性交过度而造成的。
另外，像咬伤（被人或是虫咬都有可能）、长丘疹或是任何表皮外伤都是常常引起阴茎疼痛的原因。
另一种造成阴茎疼痛的常见病因是阴茎感染了生殖器疤疹。在病发（疹子长出来）之前，受感染的部位会有持续5—6天灼烧、发痒或疼痛的现象，随后在表皮上就可以发现明显的、看得见的溃伤了。一旦这些水泡样的溃伤逐渐愈合，则疼痛的症状也会随之消失。在第一次发作过疱疹之后，有些患者会持续好几个月、好几年甚至终生都不再复发，但是有些病人却经常有复发的情形。Acyclovir锭是一种抗病毒性的药剂，口服使用效果很好，不但可以减轻病发时的剧痛，也能有效地减低复发的频率。在艾滋病尚未流行之前，生殖器疤疹可说是最常引起两性之间那种歇斯底里式勃然大怒、争执相向的病症，直到今日和致命的艾滋传染病相较之下，这种怒目相视的情况则显得温和多了。
前列腺发炎常常会引起阴茎的疼痛，这种情形可能是因为阴茎部位受到感染或是刺激所导致。若是受到感染，就必须以抗生素进行治疗；假使是受到刺激，则只要有充分的休息就可以使症状减轻。
梅毒会造成阴茎溃伤长疮，但是并不会引起疼痛。另外有一些通过性行为传染且会造成疼痛症状的则是非典型的尿道炎（通常是由披衣菌引起的尿道感染或尿道发炎现象）和淋病，虽然有青霉素及其他种类的抗生素药品等发明，淋病仍然对人们造成相当大的困扰。而在未割除包皮的男性身上，容易发生包皮内的感染（即龟头炎），这也会使得阴茎有疼痛和肿大的症状，通常只要针对真正的病源作适当的治疗，大多能顺利地消除各种不适的疾病症状。
下列则是引起阴茎疼痛较不常见的原因：
1、阴茎癌—要辨认阴茎癌并不困难，从器官的表面就能看得出形成病变的组织。除非是受到感染，否则阴茎癌通常都不会引起疼痛，治疗这个病的方法是实行外科手术。
2、现在已经广泛地使用人工弥补术来治疗阳痿，即以外科手术将管子植入阴茎组织中，使阴茎可以藉此装置顺利勃起。如果弥补术确能达到良好的功能，患者就能重享圆满的性生活，但是这种人工植入的管子常常会受到感染而引起阴茎疼痛。
3、如果眼睛发红及关节疼痛是与阴茎的不适有关联的，你信不信？这种看似不可能的并发症状称为赖透性症候群，是一种因身体免疫系统失调所导致的病症。因此，如果阴茎会痛而且流出分泌物，又有轻微的发烧，关节也会痛，那么请到镜子前看看自己的双眼，如果双眼发红，那么就可以依此诊断出自己的毛病了。通常几个星期之后这些症状就会自行消失，不需要任何治疗。
4、有时很矛盾的是，阴茎的疼痛竟是源自于享乐——因为勃起所导致的疼痛。当血凝块在勃起阴茎的动脉里形成时，就会阻止血液从阴茎流出以通往身体其他部位去，如此一来，使得阴茎勃起维持的时间远远超过需要或是希望的程度，就会形成剧烈的疼痛。这种被称为持久勃起（异常勃起）的情形，通常需要以手术来疏解阻塞的状况。一般以患有白血病（白血球过多症）及镰刀状细胞性贫血症之类的血液沉淀疾病患者最常发生这种状况（但是在健康状况良好的人身上，也可能会发生）。
5、另有一种更普遍而常见的原因会造成阴茎勃起时疼痛——北洛尼氏病，这种毛病指的是在阴茎里有结疤组织形成（至今仍查不出原因为何），若罹患这个病则阴茎勃起时会变弯曲，造成性交困难，或者甚至根本无法进行性交。一般以外科手术就能改善这种状况。