生殖器疱疹目前尚无特效根治方法，治疗原则为缩短病程，减轻症状，防止继发感染和并发症；防止病情复发。中医强调辨证论治，扶正祛邪，既可提高机体抵抗力，又可直接灭活和清除病毒。
中医辨证分两型治疗生殖器疱疹
（1）肝经湿热证：症见生殖器部位出现红斑、群集小疱、糜烂或溃疡，甚至局部出现脓疱，灼热，轻痒或疼痛；伴口干口苦，小便黄，大便干结，或腹股沟淋巴结肿痛；舌红，苔黄腻，脉滑数。治疗应给予清热利湿，化浊解毒，方选龙胆泻肝汤加减，常用药物有板蓝根30克、大青叶30克、马齿苋30克、胆草10克、栀子lo克、泽泻15克、柴胡10克等，水煎服，每日一剂。
（2）阴虚邪恋证：症见外生殖器反复出现潮红、疱、糜烂、溃疡、灼痛，日久不愈，遇劳复发或加重；申疲乏力，腰膝酸软，心烦口干，五心烦热，失眠；舌质红，苔少或薄腻，脉弦细数。治疗应滋阴降火，解毒除湿。方用知柏地黄丸加减，常用药物有：母10克、黄柏lo克、熟地10克、山药20克、山萸6克、茯苓15克、生黄芪10克、白花蛇舌草30克、柴胡10克、酸枣仁30克等，水煎服，每日一剂。
中药也可外用治疗疱疹，常选用马齿苋、野菊犯汕萨鼎地榆、苦参各30克，水煎外洗，每日2--3次；洗后外涂青黛散。
生殖器疱疹治疗原则有四点：
1、减轻症状，促进皮损愈合，缩短排毒时间，减轻传染性，缩短病程。
2、预防减少并发症；预防复发或减少复发；无症状或亚临床型生殖器疱疹无须药物治疗。
3、有症状者的治疗包括全身治疗和局部治疗两方面。
4、孕妇感染疱疹时，胎儿畸形的机会并不会增加；但自然生产时，疱疹病毒却可能侵犯胎儿。有些胎儿可能中枢神经系统受侵犯而造成脑部的伤害，以致神经系统发生障碍，有些新生儿甚至可能因此而死亡。所以，妇女在生产时，如果疱疹正在发作或刚发作完，则最好采用剖腹生产，以免婴儿在通过产道时，受到疱疹病毒的感染，而造成无法弥补的伤害。