子宫内膜异位症是子宫内膜细胞生长在子宫腔以外处，随着月经周期变化，异位的子宫内膜也会剥落出血，这些经血日积月累，若积留在卵巢，慢慢浓度变稠，俗称 “巧克力囊肿，而长在子宫肌层的则是“子宫肌腺症。中医属“症瘕 与“月经不调范畴。
子宫内膜异位症主要是因为月经逆流造成，当月经来潮时，把剥落的子宫内膜经由输卵管推入腹腔，种植在盆腔脏器的表层而形成病灶。中医认为，此症大都因气滞血瘀、气血不足所致。
子宫内膜易异位瘀积在卵巢、子宫背面与大肠表面等处，平常症状不明显，当月经来潮时，子宫充血，加上子宫内回流的血液，可能造成大肠子宫直肠凹陷处下坠胀痛、腰酸背痛、腹泻、经痛等症状。而这些流不出来的血，也会引起局部的发炎与黏连，时间一久，甚至会引起骨盆腔内黏连，而造成不孕的影响。
子宫内膜异位症中医治疗的原则是根据月经周期，以活血化瘀、引血归经和行气止痛等方法进行调治，让经血不再逆流，内膜不再异位。月经周期治疗原则大致可分包括：
行经期，以活血化瘀、行气止痛为主，药物可选用蒲黄、乳香、泽兰活血散瘀，香附、木香、小茴香等疏肝理气，行滞止痛来解除经痛问题。
经后期，以软坚散结的方法，来抑制异位的内膜增生，可选用鳖甲、夏枯草、牡蛎等，抑制血管生长，使异位的子宫内膜组织退化萎缩。 经前期，以养血温肾为原则，可用当归尾、鸡血藤、巴戟天等温肾阳、疏通血脉，帮助延长受孕期，提高受孕机会。
另外，巧克力囊肿超过5公分以上患者，建议手术切除再辅以中医治疗。水蛭、虻虫等动物性药材，具有抗凝血、溶纤作用，对于促进瘀血的吸收，也有不错的效果。
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