当子宫内膜异位症发生于其它特殊部位时，可出现许多其它令人迷惑的临床表现。而大多数子宫内膜异位症患者的主要症状是继发性痛经，伴下腹部和背部进行性疼痛，常可放射至腿部。疼痛常于月经1-2天开始。相当于异位子宫内膜出血时，月经开始达到最高峰。大多数患者在行经期疼痛可缓解。但在晚期患者中，尤其是当盆腔有广泛和显著粘连时疼痛可持续存在。典型的继发痛经患者年龄多在30-45岁之间。有的子宫内膜异位病灶导致子宫后倾。固定的患者常有性感不快、性交痛，甚至性交困难，约三分之一原因不明的不孕与子宫内膜异位症有关。子宫内膜异位症患者的不孕率可高达40%。重度子宫内膜异位患者不孕的原因可能与解剖结构的改变有关。轻度子宫内膜异位症患者不孕的原因决非单纯解剖因素所致，现多认为与腹腔内微环境因素、卵巢功能异常等有关。

子宫内膜异位症的治疗有5个“最好方法”：即腹腔镜手术是最好的手术治疗，卵巢抑制是最好的药物治疗，手术→药物治疗→再次腹腔镜手术的三阶段治疗是最好的联合治疗，妊娠和助孕技术是最好的期待治疗。

教科书上已写明子宫内膜异位症与疼痛密切相关，但有些学者并不认可此种观点。 传统的观念认为盆腔有紫蓝色病灶或巧克力囊肿才能诊断子宫内膜异位症，但随着腹腔镜广泛应用于盆腔疼痛和不孕的妇女，发现子宫内膜异位症病灶还有多种类型，如红色病灶、白色病灶、腹膜缺损等。 腹腔镜的广泛应用证实子宫内膜异位症非常常见。没有疼痛的妇女，患有子宫内膜异位症的也很普遍，而且发现疼痛的程度与病灶的范围没有明显的相关性。现在人们越来越怀疑子宫内膜异位症是否真的与疼痛相关。 最近的两个新概念对传统观念提出了挑战：一是子宫内膜异位症完全可能不引起疼痛；二是子宫内膜异位症存在多种状态，最轻微的病灶临床很常见，因此可以认为其可能不是病灶。