包茎会影响荫茎的生长发育，在青春期由于荫茎头被包皮紧紧包住，得不到外界的应有刺激，荫茎头的发育受到很大束缚，致使性器官发育成熟后的荫茎头冠部的周径明显小，影响性快感。
而由于包皮内有丰富的皮脂腺，能分泌大量的皮脂。因此包茎或包皮过长时，往往会使包皮内皮脂腺的分泌物不能排出，皮脂和尿中的沉淀物合成乳酪状奇臭的“包皮垢”。
此外包皮过长还会间接损害肾脏功能。由于荫茎发炎，可以引起尿道口或前尿道狭窄，造成排尿困难。长期排尿困难，肾脏的功能就会受到损害。
最后包皮过长还易致癌，所以无论是包茎还是包皮过长都应该及早治疗。这是因为包皮过长和包茎很可能成为泌尿生值系统疾病的感染原，这不仅会将病菌带给妻子，甚至有部分患者会发生癌变。
由于包皮过长营造了一个细菌生存、潜伏的良好场所，消炎治疗很难彻底，往往是“星星之火再燎原”，导致包皮归头炎周而复始，有的病人历经数十年的归头炎，长期慢性的刺激归头上皮细胞，终究因量变到质变的转化，发生荫茎癌而危害生命，包皮过长对人类的危害性不容忽视。