生殖器疱疹主要通过性接触传染。单纯疱疹病毒2型引起的活动性皮损中含有活病毒，具有明显传染性，复发性生殖器疱疹患者可在两次发作之间无症状地从阴茎、阴道、子宫颈和直肠排出病毒，因此生殖器疱疹（有症状和有皮疹）患者和无症状的带病毒者是主要传染源。

疱疹病毒经黏膜或皮肤微细破损处进入人体，先在侵入局部生长繁殖，后经血液和神经通路散播。生殖器疱疹病毒传染性极强，凡与患阴茎生殖器疱疹的男性发生一次性交的女性，有60%～80%的可能也患病。患者症状明显时传染性强，无症状时传染性小，但仍然可能传染。少数也可通过污染的物品传染。

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