一、种植学说（30%）：
该学说认为，盆腔子宫内膜异位症的发生，系子宫内膜碎片随经血逆流，通过输卵管进入盆腔而种植于卵巢或盆腔其他部位所致，临床上在月经期行剖腹探查时可在盆腔中发现经血，且经血中查见子宫内膜，剖宫手术后所形成的腹壁疤痕子宫内膜异位症，是种植学说的好例证。
二、浆膜学说（25%）：
专家认为卵巢及盆腔子宫内膜异位症系由腹膜的间皮细胞层化生而来，副中肾管是由原始腹膜内陷发育而成，与卵巢的生发上皮，盆腔腹膜，闭锁的腹膜凹陷，如腹股沟部的腹膜鞘状突（努克管），直肠阴道隔，脐等，都是由体腔上皮分化而来。
凡从体腔上皮发生之组织，均有潜在能力化生成几乎与子宫内膜不能区分的组织，因而腹膜间皮细胞可能在机械性（包括输卵管通气，子宫后位，宫颈阻塞），炎性，异位妊娠等因素刺激下，易发生化生而成异位症的子宫内膜，卵巢表面的生发上皮因属原始体腔上皮，更具有分化的潜能，在激素，炎症的影响下就可分化成胚胎时所能形成的各种组织，包括子宫内膜，卵巢是外在性子宫内膜异位症中最易累及的部位，用化生学说很易解释，种植学说不能解释超越盆腔以外的子宫内膜异位症的发生原因。
三、免疫学说（25%）：
异位内膜周围有淋巴细胞，浆细胞浸润，巨噬细胞内含有铁血黄素沉着及不同程度的纤维化，他们认为是由于异位内膜病灶做为异物，激活了机体的免疫系统所致，此后，许多学者从细胞免疫，体液免疫等方面探讨内异症的病因及发病机理。
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