大致上卵巢囊肿的种类可分为下列几种：
1、功能性囊肿：这是最常见的囊肿。发生在排卵周期的育龄妇女，异常量的液体聚集在滤泡内或黄体内，形成滤泡囊肿或黄体囊肿。这种功能性囊肿有时会很大，但不管用药与否，通常会在三个月内自行消失。
2、出血性囊肿：有时滤泡囊肿及黄体囊肿生长过速，造成卵巢的组织牵扯而裂开流血。这些血液因没有出口出去而积在卵巢里，就称为出血性囊肿。这种囊肿一般会自行消失但所需时间较长。如果身体不适的现象较为明显，则可服药减缓症状。只有在少数的情况下，病人呈现较严重症状时才需要开刀切除。
3、浆液性上皮囊肿及黏液性上皮囊肿：在观察三个月后，仍然存在的囊肿有可能是属于上皮卵巢囊肿，而非功能性囊肿。这是因为具有分泌功能的浆液细胞及黏液细胞在排卵后被包埋在卵巢内，不断的分泌液体形成囊肿。这种囊肿是不会消失的，需要开刀切除。
4、巧克力囊肿（子宫内膜异位瘤）：是指子宫内膜异位症长在卵巢内，在卵巢内形成大量黏稠咖啡色像巧克力状的液体。因为子宫内膜异位瘤会随着时间增加而变大，渐渐侵蚀正常的组织，造成卵巢组织不可逆的损害。经过评估其严重性后，可能需要开刀处理。
5、畸胎瘤：这是一种很特别的囊肿，可能是在胚胎时期的细胞分化上出了问题，经过很久的时间才表现出来。它会在卵巢内生成毛发、牙齿还有一些油脂类的聚集。由于畸胎瘤本身不会自行消失，而且还有可能不断的成长，另有15%机率会造成卵巢扭转，所以最好及早切除。一般来说恶性的比率小于千分之一。
6、卵巢癌：罹患卵巢癌的机率相当低，但因为位于骨盆腔内，并不容易早期发现。 卵巢的恶性肿瘤，种类繁多，其预后情形皆不相同。一般来说，中老年女性较容易得到上皮细胞癌，此种癌症复发机率较高，预后较差。
7、子宫内膜样瘤肿瘤表面光滑，常为单房，其内壁由一层极似子宫内膜型的高柱状上皮所构成，周围的结缔组织缺乏子宫内膜间质，在囊瘤的内外也无出血现象。
