目前，治疗乙肝尚存在许多不合理的用药情况，大约20%～30%乙肝患者病情加重与不合理用药有关。不少病人因为误治、乱治以及“自治”导致病情加重。因此，乙肝用药需要掌握“几项原则”：
讲究安全性
治疗乙肝用药首先要强调安全性，乙肝患者病情易变化，疗程漫长，单一用药难以达到治疗目的，现多采用联合治疗，用药安全是首要的。多年以前曾经使用的多种肝炎用药，后来被证实是不安全的，例如阿糖腺苷、膦甲酸等，都有可能引起肾功能损害。目前使用的干扰素、拉米夫定等，同样存在严重的安全隐患，如果使用不当，选择不当或擅自停药都可能导致病情加重。
中药也同样存在着不安全因素。有些中草药和中药制剂被证实具有明显的肝损作用，例如中草药苍耳子、贯众、雷公藤、天花粉、肉豆蔻、薄荷、川楝子等；中成药有小柴胡汤、复方青黛丸、消核片、克银丸等。因此，要避免滥用和超期、超量服用，对于民间验方、偏方一定要慎用，以防中毒。有药物过敏史或属过敏体质的患者，一旦出现药物性肝损害，一定要终止该药物使用，及时前往正规医院诊疗。
追求有效性
现在不少乙肝老药，例如口服的泛昔洛韦、无环鸟苷等已被证实为无效，现已逐渐淘汰。目前作为治疗乙肝的主打药物——抗乙肝病毒药物，公认的只有干扰素、拉米夫定等几种，其他标榜具有抗乙肝病毒性质的药物，目前尚未得到一致认可。
另外，成百上千种所谓“保肝药物”，只有一部分具有改善肝功、减轻肝脏炎症反应的作用。所以患者用药，必须认真选择，千万不能草率鲁莽。
提倡经济性
治疗乙肝花费大、药物贵是众所周知的，乙肝患者病情反复无常，用药不断，不少患者因病致贫。因此乙肝患者用药一定要精打细算，少花冤枉钱。
许多新药远期疗效未定，加上价格十分昂贵，不宜作为一线药物推荐试用。有的还从海外自行购药试用，耗资巨大，但是缺乏指导，对于用药的注意事项、剂量、疗程等一概不知，用药后期的不良反应难以预测。
根据临床数据显示：近几年治疗乙肝不合理用药的情况不在少数，大约20%～30%乙肝患者病情加重与不合理用药有关。不少病人因为误治、乱治以及“自治”导致病情加重。
为此，专家建议乙肝患者在用药时应掌握以下几项原则：
适当的药物根据疾病与患者机体条件，权衡多种因素利弊，选择同类药物中最为适当的药物。例如早期肝硬化患者，选择抗病毒联合抗肝纤维化药物同时使用，疗效最好。
适当的剂量干扰素治疗乙肝非常普遍，剂量的把握十分讲究。如果剂量太小，难以奏效；如果剂量太大，药物毒作用过强，患者身体难以承受。一般认为中国人的合适剂量为500万～600万单位/隔日1次使用。适当的时间例如长效干扰素每周使用1次，可以确保一周内患者血液中药物浓度基本保持在有效范围内，可以给患者减少痛苦和麻烦。
适当给药途径必须综合考虑用药目的、药物性质、病人身体状况以及安全经济、简便等因素。口服给药既便利，又经济，而且病人少受痛苦，相反静脉滴注不提倡轻易采用。
适当的病人治疗乙肝强调个体化、因人施治的原则，譬如干扰素的治疗对象，一定要求病情处于转氨酶升高、乙肝病毒复制指标阳性的患者；重度或重型的乙肝患者不宜使用干扰素治疗。
适当的疗程按照治疗学原则，规定药物治疗的周期。抗乙肝病毒治疗和抗肝纤维化治疗都是需要长期坚持不懈的，疗效明显时，不能擅自停药，必要时延长治疗，以获得稳定持久的疗效。例如用拉米夫定和干扰素治疗乙肝，疗程需要在1年以上。
但有些药物却不宜长期使用，要避免延长给药时间，减少蓄积中毒、病毒耐药性、药物依赖性等不良反应的出现。例如乙肝患者一旦感冒发烧，消炎药物使用一定要采取“短平快”原则，做到病除药止。