C-erbB2癌基因：在正常乳腺组织中呈低表达，在乳腺癌组织中表达率可增高，其表达与乳腺癌分级、淋巴结转移和临床分期呈正相关，表达率越高，预后可能也就越差。Cerb-B2同时也是Her-2基因表达过程中作用通道，若Cerb-B2检测为（-）或（+），则Her-2基因为无扩增，Cerb-B2（++）则Her-2基因可疑阳性；Cerb-B2（3+）则Her-2基因为扩增状态。
P53基因：免疫组化中P53为野生型基因，p53突变率高的乳腺癌细胞增殖活力强、分化差、恶性度高、侵袭性强和淋巴结转移率高。
COX-2（cyclooxygenase-2）：乳腺癌组织中存在COX-2的表达。COX-2可能是临床评价病人预后、识别术后复发的高危险性病人很有实用价值的指标。
Ki-67：与乳腺癌尤其是淋巴结转移阴性患者的预后相关，有助于确定是否采用辅助性化学治疗。
E-cadherin：黏附分子，可作为乳腺癌的判断预后指标。
PS2：在预测内分泌治疗反应方面，PS2比ER测定可能更有用，PS2的表达是乳腺癌内分泌治疗反应的最好指标。
p63：p63基因本身是一个抑癌基因，p63在乳腺癌的发生、发展过程中起着重要的作用；检测可为乳腺癌的早期诊断、及时治疗及预后判断提供必要的理论依据。
Calponin：在乳腺正常组、增生组、不典型增生组中，几乎所有的肌上皮细胞表达p63、α-SMA和Calponin，而所有的腺上皮细胞3种抗体均为阴性；有助于判断浸润癌、原位癌及不典型增生。
SMA（smoothmuscleactin）：平滑肌肌动蛋白是可靠的标记抗体。从乳腺正常组织、良性病变到原位癌，早期浸润和浸润性癌，ME的消失是一逐渐发展的过程。
CyclinD1：CyclinD1的高表达可能在人乳腺癌的发生、发展中起重要作用。在乳腺癌中高表达的临床意义是：CyclinD1的表达与肿瘤大小、TNM分期及腋淋巴结转移相关。