CT与MRI的原理是不一样的，CT的原理和X线一样，通过不同组织对X线的吸收系数不同来成像的，MRI则是根据不同组织内氢质子含量的不同来成像的；CT与MRI对人体的影响不一样，CT具有辐射，而MRI无辐射；CT与MRI针对于不同疾病各有优势，如主要观察有无骨折，则可选用CT，主要观察软组织等，则可选用MRI，MRI在软组织等方面的成像优于CT，故在判断某些颅脑内部疾病等时可优先选择MRI，但是如果患者有心脏起搏器以及一些金属物质，则不能做MRI；CT与MRI的价格不一样，一般情况下，MRI的检查费用高于CT。建议到正规医院进行诊治，在专业医生结合具体病情的情况下进行选择。

MRI和CT同属于影像学检查，都可以把人体全身各系统器官作为检查对象，但两者之间还是存在差别。首先，是对疾病的诊断各有侧重点。对于中枢神经系统（包括颅脑、脊柱）、五官系统、头颈部、四肢关节骨肌系统尤其是软组织内的病变，MRI比CT具有更高的组织分辨力。如果要诊断脑中风、脑肿瘤、鼻咽癌、颈椎病、骨肿瘤、盆腔疾病等，就适宜做MRI检查。而CT胜在成像速度快，能短时间大范围成像，因此，诊断具有生理运动功能的器官（比如心脏、肺、肝胆脾胰等）及较长范围器官组织(比如胸主动脉、腹主动脉或上、下肢动静脉等)的病变，包括心梗、慢阻肺、肺梗塞、肺癌、肝癌、动脉粥样硬化、下肢静脉血栓等，医生会更倾向于用CT检查。其二，是检查原理不同，对受检人群的适用范围及要求也不一样。MRI相当于把人放在一个磁场里，虽没有辐射，但检查时间较长，而且对患者体内有否金属物品要求严格。如果体内装有金属支架或装置（如起搏器、心脏支架、人工关节、假体、动脉瘤银夹、弹片等），可能会因磁场导致身体的伤害，不适宜MRI检查。对怀孕期妇女、具有幽闭恐惧症、躁动不配合的患者，则需慎重进行MRI检查。CT则是借助X射线成像，具有辐射性，但检查时间较快，没有绝对的禁忌症。对造影剂（如碘）过敏，会出现呕吐、头晕、血压波动的人群，以及心肝肺肾功能差的患者，可以只做“平扫”不做“增强”（即注射造影剂以加强检查效果），以免加重病人的病情及产生不良影响。其三，因为辐射对人体具有损害性的缘故，进行CT检查时要注意的事项比MRI更多。MRI检查只要患者身上及体内不带有金属物品即可，像带铁圈的内衣、身上的磁卡、手表、项链、戒指、假牙、发夹等在检查之前应取下放置在一边。而CT检查时则要尽量避免不必要的辐射损害。

肝癌患者选择做CT还是MRI，要根据患者的具体情况及各个医生的习惯有所不同来看。但总体而言，进行了MRI检查的患者很少再建议做CT检查。因为在肝脏病变诊断中，MRI检查能比CT检查提供更多信息，毕竟MRI的软组织分辨率要高于CT。如果事先做的是CT检查，则有时会建议患者再做MRI检查。