百日咳是一种由百日咳杆菌所致并具有高度传染性的呼吸道疾病，一旦罹患百日咳，在其痉挛性咳嗽期结束后的3周内，或在使用有效抗菌素5日后，仍然具有传染性。未获免疫力或免疫力下降的易感者被传染的机率很高，多在80%以上，因此，必须对百日咳患者及时隔离，对未获免疫力的易感者及时接种疫苗，同时做好免疫力下降人群的预防环节。
1、一般治疗
按呼吸道传染病隔离保持室内安静、空气新鲜、温度适当，注意避免诱发患儿痉咳的因素，进食营养丰富，易于消化的食物，注意补充各种维生素和钙剂。镇静剂能减少患儿因恐惧、忧虑、烦躁而诱发的痉咳，同时保证睡眠，可服用异丙嗪（非那根）每次1m/kg、苯巴比妥等。咳嗽剧烈可用镇咳药，若痰液粘稠可用雾化吸人。如惊厥时用安定、复方氯丙嗪或苯巴比妥等药物止惊。小婴儿痉咳严重时应有专人守护。发生窒息时及时吸痰或作人工呼吸和给氧，如发生脑水肿，及时进行脱水治疗，防止脑疝出现。
2、抗菌治疗
卡他期应用抗生素可以减轻甚至不发生痉咳，进入痉咳期后应用，则不能缩短百日咳的临床过程。但可以缩短排菌期及预防继发感染，首选红霉素，百日咳杆菌对红霉素敏感，能渗进呼吸道分泌物中达到有效浓度，剂量：每日30～50mg/kg，口服或静脉滴注。7～14为一疗程。近年一些新的大环内酯抗生素如罗红霉素每日5～10mg/kg，分2次口服，7～10天为一疗程。阿奇霉素每日10mg/kg，一次顿服，3天为一疗程。后两者具有抗菌作用强，胃肠道反应较少等优点，可酌情选用。氨苄青霉素临床疗效差，氯霉素，虽有较好疗效，但偶可引起粒细胞减少。
3、负氧离子治疗
负氧离子能有效加强气管粘膜上皮的纤毛运动，影响上皮绒毛内呼吸酶的活性，改善肺泡的分泌功能及肺的通气和换气功能，具有缓解支气管痉挛、增加肺活量、调整呼吸频率、镇咳等功效。负离子还能促进鼻粘膜上皮细胞（多个鼻）的再生，恢复粘膜的分泌功能，对哮喘、气管炎、儿童百日咳等疾病有良好效果。