一、手术疗法
对于单发、面积小的湿疣，可手术切除；对巨大尖锐湿疣，可用Mohs氏手术切除，手术时用冷冻切片检查损害是否切除干净。
二、冷冻疗法
利用-196℃低温的液体氮，采用压冻法治疗尖锐湿疣，促进疣组织坏死脱落，本法适用于数量少，面积小的湿疣，可行1-2次治疗，间隔时间为一周。
三、激光治疗
通常用CO2激光，采用烧灼法治疗尖锐湿疣，本疗法最适用阴茎或肛周的湿疣。对单发或少量多发湿疣可行一次性治疗，对多发或面积大的湿疣可行2-3次治疗，间隔时间一般为一周。
四、电灼治疗
采用高频电针或电刀切除湿疣。方法：局部麻醉，然后电灼，本疗法适应数量少，面积小的湿疣。
五、微波治疗
采用微波手术治疗机，利多卡因局麻，将杆状辐射探头尖端插入尖锐湿直达疣体基底，当看到就体变小、颜色变暗、由软变硬时，则热辐射凝固完成，即可抽出探头。凝固的病灶可以用镊子挟除。为防止复发，可对残存的基底部重复凝固一次。
六、β-射线治疗
我们应用β-射线治疗尖锐湿疣取得了较为满意的效果，该方法疗效高，无痛苦、无损伤、副作用少，复发率低，在临床上有推广价值。
七、药物疗法
1、足叶草脂：本疗法适用湿润区域的湿疣，例如发生于包皮过长而未曾作包皮环切除手术的龟头的湿疣。用20%足叶草脂酊剂涂到皮损处或用药前，先有油质抗菌药膏保护皮损周围的正常皮肤或粘膜，然后涂药，用后4-6小时，用30%硼酸水或肥皂水清洗，必要时3天后重复用药，该药是国外用于本病治疗的首先药，一般用一次可愈。但有很多缺点，如对组织破坏性大，使用不当可引起局部溃疡。毒性大，主要表现为恶心、肠梗阻、白细胞及血小板减少，心动过速、尿闭或少尿，故使用时必须谨慎，发现上述反应时，应立即停药。
2、杀病毒药物：目前主要是以大环三萜类为主，其主要治疗的原理为，大环三萜可杀死潜藏在皮肤粘膜种的hpv病毒，此类治疗药物疗程长，疣体脱落比较慢，但复发率很低。此类药品治疗的优点是副作用很小，安全性很高，不会对正常的皮肤造成皮损，治疗后不会有瘢痕，对于男性尿道内，口腔内，直肠内的尖锐湿疣是一个很好的选择。
3、腐蚀剂或消毒剂：常用有30%-50%三氯醋酸或饱和二氯醋酸，或18%过氧乙酸。用10%水杨酸冰醋酸或40%甲醛、2%液化酚、75%乙醇蒸馏水100ml混合溶液，点涂局部，用于龟头、肛周湿疣，每日或隔日一次，效果甚好。消毒剂可用20%碘酊外涂，或2.5-5%碘酊注射于疣体基部，每次0.1-1.5ml，或用新洁尔灭外涂或以0.1-0.2%外敷，后者需配合全身疗法。
4、抗癌药
（1）5-氟脲嘧啶（5-Fu）：一般外用5%软膏或霜剂，每日2次，3周为一疗程。2.5%~5%氟脲嘧啶湿敷治疗阴茎、肛周尖锐湿疣，每次敷20分钟，每日一次，6次为一疗程。也可用聚乙二醇作基质，加入占其干质5%的5-Fu粉剂制成栓剂，治疗男性尿道内尖锐湿疣，也可用5-Fu基底注射，多者可分批注射。
（2）噻替哌：主要用于5-Fu治疗失败的尿道内尖锐湿疣，每日用栓剂（每个含15mg），连用8天，也可将本品60mg加入10-15ml消毒水中，每周向尿道内滴注，保持半小时，副作用有尿道炎。亦可用本品10mg加入10ml浸泡患处，每日3次，每次半小时，治疗男性阴茎、龟头冠状沟湿疣，主要用于经其它方法治疗后，尚有残存疣体或复发者。也可将此溶液再稀释两倍浸泡局部，以预防复发。
（3）秋水仙硷：可用2-8%的生理盐水溶液外涂，涂两次，间隔72小时治疗阴茎湿疣，涂后可出现表浅糜烂。
抗疱疹、湿疣药物种类繁多，治疗机理各不相同，使用不当反会加重肝脏负担，因此应该选择性应用。在应用抗病毒药的同时，还应注意查明导致肝，肾功能不良的副作用，标本兼治，才能达到保护身体健康、清除体内病毒的目的。
八、免疫疗法
1、干扰素诱导剂：可用聚肌胞及梯洛龙。聚肌胞每日注射2ml，连用10天，停药1-2月后，再继续用药。梯洛龙每日3次，每次300mg，停药4天，或隔日口服600mg。
2、干扰素、白介Ⅱ，灵杆菌素，利百多联合应用，疗效较佳。
九、抗病毒药
可用5%酞丁胺霜剂，或用0.25%疱疹净软膏，每日2次，外涂。无环鸟苷口服，每日5次，每次200mg，或用其软膏外用，α-干扰素每日注射300万单位，每周用药五天。或干扰素300万单位注入疣体基部，每周2次。连用2-3周，主要副作用为流感样综合症，局部用药副作用较少且轻微。
十、刺血疗法
刺血疗法的方法步骤如下：
1、取穴：通常以指尖为准。
2、刺血部位：按指导手册标示的免疫强化点进化刺血，每周一次。早上八点左右最为合适。第一周从左手开始，第二周换右手，这样轮换治疗。一般该指令进行6次即可停止，严重者可以加强3——6次。
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