口腔疾病的高发和不正确的牙齿护理清洁习惯有很大关系。专家指出，现在很多人喜欢常用漱口水代替牙膏来清洁口腔，其实这是错误的做法，漱口水是不可代替刷牙的。
其实单纯使用漱口水只能去除浮在牙齿表面的食物残渣，而一些在隐蔽部位例如牙缝里的食物残渣和沉积物则不易被清除掉，因此千万不能用漱口水代替刷牙。
有些人认为使用口腔清洁漱口水就能使口腔清洁了，其实漱口水虽然具有抑菌杀菌功能，但是若没有先把牙齿刷干净就用漱口水，那么漱口水防蛀牙的效果就非常有限了，残留于牙间隙和牙龈沟或者牙周袋内的细菌仍然会迅速繁殖。研究证明，一个细菌每3小时就可以繁殖一代。
此外，有些漱口水里含有的药物成分比牙膏里的药物成分还要高，常用漱口水可能导致口腔菌群失调，从而引发更多口腔疾病的发生。另外，有些漱口水可以使牙齿、舌苔着色，甚至可以引起可恢复性味觉消失。
漱口水一般是不建议长期使用的，否则其危害是非常大的：
头晕脑胀
有些漱口水中添加了锌，锌虽然有保持口腔气息清新的作用，也能帮助牙齿抵御污垢，但过量的锌会产生一定的毒性，有可能导致莫名奇妙的头痛。
胃痛恶心
锌还会从口腔进入肠胃，进而诱发胃痛、反胃、恶心等症状，甚至会让人出现手足莫名颤抖的现象。
增加致癌风险
有研究发现，一天使用漱口水超过三次有致癌风险。因为漱口水含有大量的酒精，长时间在口腔中停留会让酒精变为乙醛，威胁口腔健康。事实上，药用型的漱口水不能随意用，长期使用此类漱口水会引起口腔内正常菌群的失调和产生抗药性，甚至会引起过敏反应，使味蕾的味觉降低并抑制唾液的分泌，因此必须在专业医生的指导下选择性使用。
影响心脏健康
每天两次使用漱口水，结果发现，漱口后几个小时，参试者血压明显升高2~3.5毫米汞柱。洗必泰中含有0.2%的杀菌剂氯己定。其他杀菌漱口水中该物质含量也基本相当。氯己定同时也会杀灭一些“有益菌”，这些有益菌能制造出少量的亚硝酸盐，它对血管扩张具有重要作用。少量亚硝酸盐可保护心脏，对人的健康产生积极地影响。常用灭菌漱口水，会导致口腔中亚硝酸盐水平降低90%，血液中亚硝酸盐水平降低25%。