囊肿的主要危害是压迫肾脏而损害肾功能。所以一般小于4厘米的肾囊肿不需要处理，定期复查即可。较大囊肿需要临床治疗，如果是肾盂旁囊肿则大小不受4厘米的限制。
大多数学者认为单纯性肾囊肿，如囊肿直径大于4厘米，有腰痛、血尿、反复感染、肾实质或肾盂、肾盏明显压迫，以及高血压、囊肿压迫输尿管，导致梗阻及疑有恶变等，均是治疗指征。
肾囊肿的常见症状有哪些：
一、腰、腹不适：是肾囊肿的常见症状，也是最常见的，主要是由于肾脏肿大和扩张，促使肾包膜张力增大，肾蒂受到牵拉。另外，还会导致肾脏含水量增大，引起腰部疼痛。
二、腹部肿块也是肾囊肿的常见症状之一，60%～80%的患者可触及肿大的肾脏。一般而言，肾脏愈大，肾功能愈差。
三、高血压：肾囊肿最明显的表现有哪些？固囊肿压迫肾脏，造成肾缺血，使肾素分泌增多，引起高血压。在肾功能正常时，已有50%以上患者发生高血压，肾功能减退时，高血压的发生率更高。
四、肾囊肿的症状蛋白尿：一般24小时尿内不会超过2g。多不会发生肾病综合征。
五：肾功能减退：由于囊肿压迫，使正常肾组织减少，肾功能持续性减退。
六、血尿：镜下血尿或肉眼血尿。会因剧烈运动导致症状加重，发作呈周期性。出血原因是囊壁血管受到过渡牵拉而破裂出血。
肾囊肿治疗方法主要有三种
1、B超监视引导下肾囊肿穿刺抽液+注射无水酒精或其他硬化剂，但硬化剂有外溢和可能被吸收等危险，因而会对肾脏产生损害或引起严重的并发症。
2、开放手术创伤较大，恢复慢，影响体力劳动，患者接受性差。
3、应用腹腔镜进行手术，仅需在腰部打三个小孔，建立腔镜通道，用腔镜进行手术，具有创伤小、术后恢复快等优点，术后第二天就可下地活动，近年已成为肾囊肿的首选手术方式。
肾囊肿可以如何治疗？
（1）特殊治疗：
①当排泄性尿路造影，肾断层X线摄影术，超声影象及CT仍未能做出最一诊断，可选择作血管造影，而经皮囊肿穿刺抽吸则作为下一步诊断手段，这既可在X线荧光屏监视下也可在超声影象监测下进行。发现清亮的囊液是令人鼓舞的征象，但抽吸液仍应做细胞学检查。还应测定其脂肪含量，脂肪含量增高则符合肿瘤的诊断。随后将囊液充分引流，并代这以造影剂。接着在不同体位下摄片，以显示囊壁光滑度，有无赘生物存在。抽出造影剂前，将3ml碘酯脂注入囊腔内，这将减少液体再积聚引起的改变。Bean 1981年介绍了将95%酒精注入空囊内，用这种方法，他在29例患者中只发现1例复发。若只单纯将囊肿抽空，则约大部分会复发。若抽吸液为血性，可考虑手术探查，因此时病变严重，甚至已发生癌变。
②如明确诊断，可考虑保留囊肿，毕竟囊肿损害肾脏的情形罕见。
③当诊断仍有疑问时，可考虑手术探查。Ambrose等1971年在大多数已确诊为囊肿时，仍宁愿手术探查。在他们所行55例手术中。5例被证实已有癌变，占9%。通常只将囊肿的肾外部分切除。若肾脏严重受损时，肾切除也是适应症，但这很少见。
（2）并发症的治疗：当囊肿并发感染时，应加强抗菌素治疗，尽管Muther和Bennett1980年发现囊液中抗菌素所能达到的浓度很低。因而常常需行经此穿刺引流。经此穿刺引流失败的话，采取手术切除囊肿壁的肾外部分并引流，也被证明疗效颇佳。发生肾积水时，切除引起梗阻的囊肿壁可以解除输尿管梗阻。累及肾脏的肾盂肾炎提示存在尿路梗阻，继而输尿管引流不通畅。切除囊肿后，自然就缓解了尿路压力从而使抗菌治疗更为有效。