肝囊肿一般是良性单发或多发，与胆相通或不通，一般为肝右叶多发，囊肿因基底膜的改变，逐步形成憩室，或小上皮细胞代谢失常、脱落、异常增殖，或局部缺血、炎症反应、间质纤维化最终小管梗阻形成囊肿，即所谓的肝囊肿。
单发性肝囊肿是指非寄生虫性的肝脏局部组织呈囊性肿大，其生长缓慢，多数病人无明显症状，以胆管上皮囊肿多见，其表现症状轻微，一般常偶然间发 现上腹部无痛性肿块，或有肝区胀痛、消化系统症状等，当囊肿长大到一定程度时，可压迫邻近脏器，表现相应症状，若囊肿增大压迫胆总管则有黄疸，可因囊肿破 裂或囊内出血而出现急腹症等。
多发性肝囊肿，多累计全肝，或肝的一叶，一般临床上以右叶受累较多，多无明显的临床症状，影像及病理学常表现为：肝脏增大变形，肝表面可见大小不一样的灰白色囊肿，久病者很容易出现肝纤维化和肝管增生；肝切面呈蜂窝状，囊液多数为无色透明或者微黄色。多发性肝囊肿，当合并胆管狭窄时，患者可出现 发热、黄疸等胆道症状；当囊肿大于10厘米时，则可出现相应的临床症状，此时应以外科治疗为主，进行相应治疗。
常见的肝囊肿的病因病理：
1、潴留性肝囊肿：为肝内某个胆小管由于炎症、水肿、瘢痕或结石阻塞引起分泌增多，或胆汁潴留引起，多为单个，也可因肝钝性挫伤，致中心破裂的晚期。病变囊内充满血液或胆汁，包膜为纤维组织，为单发性假性囊肿。
2、先天性肝囊肿：由于肝内胆管和淋巴管胚胎时发育障碍，或胎儿期患胆管炎，肝内小胆管闭塞，近端呈囊性扩大及肝内胆管变性，局部增生阻塞而成，多为多发。
3、单发性肝囊肿：大小不等，直径由数毫米至20厘米以上，可占据整个肝叶。囊肿呈圆形、椭圆形，多为单房，亦有多房或带蒂囊肿。包膜完整，表面乳白色或呈灰色，囊壁厚度0.5~5毫米，囊内液体透明，有出血或胆汁时呈咖啡色，含少量白蛋白、粘蛋白、胆固醇、红细胞、胆红素等。
4、多囊肝：囊肿大小不一，最大容量可达1000毫升以上，小者如芝麻、绿豆大小，囊肿散布全肝或某一肝叶，以右叶多见。大体切面呈蜂窝状，囊腔内含澄清透明液体，不含胆汁。肝囊肿甚大时可压迫肝细胞，致萎缩性变，可引起胆管狭窄，致胆囊炎，可引起肝功能损害，最后出现腹水、黄疸，甚至食道静脉曲张。
肝囊肿的具体形成原因
1、胆小管病变导致的囊肿
胆小管病变可能引发的疾病也不是一种，但是肝囊肿必然是其中之一。胆小管病变主要包含出现水肿或者是炎症问题，这些问题会导致胆汁潴留，从而也可能会引发此类病变。这类问题所引发的肝囊肿通常是单个性囊肿。如果胆小管因为挫伤等问题导致破裂，就会导致囊肿里面有很多胆汁甚至是血液，这也是囊肿的一种症状。
2、肝脏损伤引发囊肿
这和胆小管挫伤有很大相似性。当肝脏出现问题时也可能会引发囊肿。但是此囊肿和先天性因素产生的肝囊肿有着本质区别，因此也可以成为一种假性囊肿。肝脏损伤会导致血肿问题，或者是部分组织出现坏死，结果就出现了囊腔。
3、寄生虫导致囊肿
根据是否是因为寄生虫导致的疾病，后天性疾病还能分成寄生虫性和非寄生性两种。寄生虫性疾病通常是因为和牲畜的接触而患病。因此患病人群多为西部牧民，另外，有一些食物上面可能含有这种虫卵，如果大家不小心食入，也可能会换上肝囊肿疾病。因为食物这些食物的时候，虫卵可能在血液流动的同时进入到肝脏里面，所以慢慢就成了肝囊肿。
4、先天性因素
这是肝囊肿疾病的主要发病因素。其实，先天性因素患病的肝囊肿患者已经占到了患者总数的90%以上。这种疾病是因为患者在胚胎发育时期出现问题导致，也就是说，该疾病是在胚胎发育的时候就已经出现，和后天性疾病在时间上有着绝对区别。多数患者的先天性肝囊肿问题不大，年轻时期基本上没有什么影响，但是到了中老年时期，肝囊肿问题就比较明显。
提醒：什么样的肝囊肿“不要紧”
所谓“不要紧？是意味着“不急”和不需要处理。首先，肝囊肿不是肿瘤，更谈不上恶性肿瘤。其次，对于大多数患者来说，其所患肝囊肿均为小的肝囊肿，最大直径均不超过3厘米。对这些体积小的肝囊肿，无沦表浅或探在，无论有无症状，无沦数目多少，均不要紧，不需要处理。肝囊肿与肝血管瘤—样，不长大、不恶变。肝囊肿与肝血管瘤相比，更无破裂之忧。这是因为即使囊肿破裂，流出的液体对人体电无害。
但肝囊肿患者仍需定期随访。每年做1-2次B超是必需的。
至今，尚未发现肝囊肿的形成与某些食物有关。因此肝囊肿患者不需要忌口。至今电尚未发现家务、运动。工作，对肝囊肿生长有促进作用，因此，肝囊肿患者不需要改变自己的生活习惯及工作环境。