MRI已广泛地应用于头颅、脊柱、胸腔（心脏）、腹部、骨骼等部位的检查，获得真实的解剖图像。并可进行横断面、冠状面、矢状面及斜面等多方面的扫描，软组织分辨率高，并可直接显示血管，安全、无损伤。但有价格高、检查时间长、不易显示钙化区等缺点。
MRI在临床上主要用于以下部位：
1、头部。可清晰分辨脑灰质和白质，对多发性硬化等一类脱髓鞘病优于CT。对脑外伤、脑出血、脑梗塞、脑肿瘤等同CT类似，但可显示CT为等密度的硬膜下血肿。脑梗塞或脑肿瘤的早期，CT不能查出，而MRI有可能显示。对钙化和脑膜瘤显示不好。脑干及小脑病变的MRI图像由于没有伪影是首选检查方法。
2、脊柱。不需要造影剂就能清晰区分脊髓、硬膜囊和硬膜外脂肪。对肿瘤、脊髓空洞症、脱髓鞘病变等均有较高诊断价值。显示骨折或脱位不如常规X射线或CT，但能观察脊髓损伤情况。显示椎间盘较好，可以分辨纤维环和髓核，特别是矢状面图像可以同时显示多个椎间盘突出。
3、四肢。对骨质本身病变显示不如常规X射线或CT。对软组织及肌肉病变包括肿瘤及炎症都能清晰显示，特别是对早期急性骨髓炎，是一种灵敏度很高的检查方法。也是检查膝关节半月板病变的首选方法。
4、盆腔。对直肠及泌尿生殖系统优于CT，无辐射损害，特别适用于孕妇及胎儿检查。
5、胸部。对肺的检查不如常规X射线，对纵隔检查则优于CT，不用造影剂即可分辨纵隔血管和肿物，也是一项有价值的心血管检查技术。
6、腹部。主要用于肝、胰、脾、肾等实质脏器。
做MRI扫描前的准备事项
1、认真核对MRI检查申请单，了解病情，明确检查目的和要求。对检查目的要求不清的申请单，应与临床申请医生核准确认。
2、确认患者没有上述禁忌证，并嘱患者认真阅读检查注意事项，按要求准备。
3、进人检查室之前，应除去患者身上携带的一切金属物品、磁性物质及电子器件。
4、告诉患者所需检查的时间，扫描过程中不得随意运动，平静呼吸。若有不适，可通过话筒和工作人员联系。
5、婴幼儿、焦躁不安及幽闭恐惧症患者，根据情况给适量的镇静剂或麻醉药物。一旦发生幽闭恐惧症立即停止检查，让患者脱离检查室。
6、急、危重患者，必须做MRI检查时，应有临床医师陪同观察。