黄连素的学名就叫做“盐酸小檗碱”，小檗碱是从黄连、黄檗中提炼出来的一种生物碱，口服后，几乎不被胃肠道吸收，只是停留在肠道，对抗致病的细菌。这一特性虽然使黄连素对胃肠道以外的感染没有效果，但由于黄连素不被吸收入血液，所以副作用很小。很多人因此认为盐酸小檗碱无毒无副作用，不去正规医院请医生开具处方，乱服药甚至自行加大剂量。黄连素最常见的副作用是便秘，大量应用后偶有恶心、呕吐、皮疹及发热，甚至可能导致横纹肌溶解症及乳酸中毒症。最需要警惕的是，常服黄连素可能会导致B族维生素吸收障碍，从而出现周围神经炎。
1，影响胃肠道的消化功能
首先是导致肠道PH值（酸碱度）的改变，影响肠道消化酶的活性；其次，由于黄连素具有一定的固涩止泻作用，有的人在服用黄连素之后腹泻可能是止住了，但继之又发生了便秘。另外，经常服用黄连素易产生耐药性，不仅不能消除腹泻、腹痛，甚至还会加剧腹泻、腹痛。
2，长期会破坏人对维生素族及脂肪酸的吸收，而导致各种系统出现疾病。
60岁的杨老先生因胃烧心，已经吃了 7年的盐酸小檗碱，每天大剂量服用盐酸小檗碱18片，超出正常用药范围的一半剂量，结果导致周围神经炎，膝关节、腕关节感觉减退，并出现自发性疼痛，双脚无法着地，双手无法触碰。最近症状更加严重，已有一个多月时间，双手不能沾水。日前，杨老先生由儿子用单架抬着来到医院就诊。医生在为老先生进行了一系列检查之后，发现他全身脏器无异常。但通过肌电图显示：神经末梢传导速度减慢，末梢神经受损，确诊为周围神经炎。在接下来对老先生的病史进行调查后，杨老先生的病因被确诊为：长期大剂量服用黄连素导致B族维生素吸收障碍，从而出现周围神经炎。维生素B族是人体所必需的维生素，是用来维持神经系统正常功能的。
3，中毒现象
盐酸小檗碱的降血糖作用明显，且呈量效关系。但专家指出，服用黄连素降血糖副作用较大，有一定风险，不宜长期大量服用。其主要副作用可能就是横纹肌溶解症及乳酸中毒症。
虽然黄连素很安全，一般副作用停药后即可消失。但是如果是作为长期服用的药物，却是不可取的。
