心腔粘液瘤虽属良性但如切除不彻底可导致术后复发，术中操作不慎使瘤体碎片脱落术后即可引起体循环栓塞，目前对心腔粘液瘤手术治疗均主张在体外循环直视下完整切除瘤体和瘤蒂附着处的房间隔卵圆窝组织，为了避免术中可能产生瘤体碎片脱落，在切除瘤体后心脏各腔室均需用大量生理盐水冲洗，并细心察看各房室腔情况，有无多发性粘液瘤的存在，并察看房室瓣及瓣环有无扩大情况，在个别病例粘液瘤可能引起瓣膜损伤或瓣膜出现粘液样变性，有时需要附加瓣膜成形术瓣环环缩术或人工瓣膜置换手术以免术后存在瓣膜关闭不全。
虽然手术切除肿物是对肿瘤的重要治疗方法，但对于恶性肿瘤而言，效果似乎不是很好，但目前而言，手术切除仍然是最重要的方法，术后结合放疗、化疗，但一般不能延长患者寿命，除非肿瘤恶性程度低，没有转移等。
手术可以明确肿瘤性质，解除机械梗阻，以便开展进一步的放疗和化疗。恶性心脏肿瘤患者体质较弱，虽经过手术成功切除肿瘤，但依然难以承受放疗和化疗，因此预后不良。
原发性心脏肿瘤临床表现多样而无特异性，容易与心脏其他疾病相混淆，因此诊断较为困难。且患者的临床表现依据肿瘤生长部位、性质及局部浸润导致的功能障碍程度不同而有所不同。心脏超声是诊断心脏肿瘤准确、安全简单的检查手段，可以明确肿瘤部位、范围、大小、形态及与周围组织的关系，并可动态观察肿瘤的活动心态以及造成的功能障碍程度。CT和MRI检查能够明确肿瘤组织的部位和范围。