引起的原因通常有：卵巢早衰，卵巢切除或组织破坏，卵巢功能性肿瘤，多囊卵巢综合征。卵巢性闭经的原因是多种多样的，有时是完全没有卵子，有时仍有少许卵子，个别是有卵子而对促性腺激素不反应。因此不能都理解为无卵子，即使是生理性绝经后亦并非一个卵子都没有，偶有个别卵子发育而来月经。
1、先天性无卵巢或发育不良：大多由于性染色体异常所引起，包括特纳氏（Turner）征（也称先天性卵巢发育不全症）和真性卵巢发育不全两种类型。
2、卵巢损坏：可由于放射治疗，手术切除双侧卵巢，或因炎症或肿瘤等使卵巢组织遭受损坏。
3、卵巢肿瘤：能产生雄激素的卵巢肿瘤如睾丸母细胞瘤、含肾上腺皮质瘤，卵巢门细胞瘤等，因雄激素能抑制卵巢功能而致闭经，常伴有阴蒂肥大、多毛、音调变粗等男性化体征。能产生雌激素的卵巢肿瘤如颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤等，因雌激素过量可抑制排卵，并使子宫内膜过度增生而致闭经。
4、卵巢功能早衰：正常妇女在45～52岁左右绝经，在40岁以前绝经的称为卵巢功能早衰。卵巢功能早衰的原因不明，有认为可能与染色体异常有关。
5、遗传：遗传方面的异常亦是异质性的和多因素的，包括FSH受体异常、X和Y染色体同源序列的易位、FSH结构异常（不能与受体结合）等。
6、自身免疫过程：其中有关卵巢早衰与自身免疫的研究最多，已发现的异常包括FSH的抗体、FSH受体的抗体、甲状旁腺、甲状腺和肾上腺的抗体等，一些患者经免疫抑制治疗后有卵巢功能的恢复。自身免疫性疾病的检测包括血钙、磷、空腹血糖、清晨皮质醇、游离T4、TSH、甲状腺抗体（如甲状腺功能异常）、全血计数、血沉、总蛋白、白蛋白/球蛋白比例、风湿因子、抗核抗体等。
7、感染等有关：感染因素包括腮腺炎、病毒感染等。 正常妇女卵巢功能45～50岁时才开始衰退，如果在40岁以前出现衰退迹象，医学上称之为卵巢功能早衰。这种女性常伴有闭经或少经、促性腺激素水平的上升和雌激素水平的下降，临床表现为不同程度的潮热多汗、阴道干涩、性欲下降等绝经前后症状。
