奎宁中毒多因用量过大或特异质引起，静脉注射过快或药液浓度过度可致休克。孕妇或哺乳期妇女应用大剂量奎宁，可以通过胎盘屏障或乳汁引起胎儿或新生儿中毒。复方奎宁注射液内含盐酸奎宁0.36克和小量的咖啡因及乌拉坦，对特异体质的小儿可因奎宁导致过敏反应及休克。

奎宁中毒病因奎宁是喹啉类衍生物，能与疟原虫的DNA结合，形成复合物，抑制DNA的复制和RNA的转录，从而抑制原虫的蛋白合成，作用较氯奎为弱。另外，奎宁能降低疟原虫氧耗量，抑制疟原虫内的磷酸化酶而干扰其糖代谢。奎宁也引起疟色素凝集，但发展缓慢，很少形成大团块，并常伴随着细胞死亡。电子显微镜观察，可见原虫的核和外膜肿胀，并有小空泡，血细胞颗粒在小空泡内聚合，此与氯喹的色素凝集有所不同。过量服用奎宁药物，引起中毒症状。

奎宁中毒是由于注射奎宁类药物剂量过大浓度太高、静脉注射速度过快或是患者发生过敏反应等引起的休克、头痛 、耳聋、 弱视、 哮喘现象。 特殊人群如孕期哺乳期女性如果使用大剂量奎宁类药物，就会间接的使奎宁物质通过胎盘屏障或是乳汁代谢等引起胎儿及新生儿奎宁中毒。