老年肺炎病原复杂，确定困难。老年肺炎可以是非感染性的，但绝大多数是感染性的。然而感染病原的确定却十分困难，因为鉴定病原菌通常以咳痰培养作依据，而痰液在咳出时难免不被口咽部寄殖细菌所污染。又因为早期应用抗生素，在大多数研究中约有30%～50%的肺炎未能发现致病菌。为避免上气道寄殖菌对痰标本的污染，可采取经气管吸引、经保护毛刷的纤支镜采样、经胸壁皮肤穿刺肺吸引或开胸肺活检等方法，但均属有创伤性，在老年人中难以推广应用。
根据标本来源较可靠的方法，如经气管吸引、血培养及特异性血清学试验等进行的研究，下列微生物可考虑为大多数老年肺炎患者的病原：肺炎链球菌、嗜血流感杆菌、厌氧菌、革兰阴性杆菌、嗜肺军团菌、金葡菌和流感病毒。获得感染的场所和环境不同，老年肺炎的病原也有较大差异，见表1。
在社区获得性肺炎（又称医院外肺炎）中，链球菌肺炎是老年肺炎的最常见致病原，嗜血流感杆菌占第2位，革兰阴性杆菌较少见。而医院内获得性肺炎（又称医院内肺炎）中，克雷伯肺炎杆菌、铜绿假单杆菌、肠杆菌属、变形杆菌和其他革兰阴性杆菌则常见，约占50%～70%。国内陆慰萱报道20世纪80年代31例老年肺炎，革兰阴性杆菌占77%，其中铜绿假单杆菌占48.39%，克雷白杆菌17.35%，大肠杆菌占9.68%；金葡菌占16.1%。院外和院内肺炎病原分布的差异可能反映了老年住院患者口咽部革兰阴性寄殖菌增多，及严重相关疾病导致免疫力下降和对致病菌易感，无论院外或院内老年肺炎，厌氧菌感染均占重要地位，当怀疑厌氧菌感染时，以咳出的痰液作厌氧菌培养是无意义的，因为上气道和口腔常有大量厌氧菌。厌氧菌感染多见于有误吸倾向的患者，常伴有神经系统疾病，神志改变、吞咽障碍或应用镇静安定剂等情况。老年人是军团菌肺炎的高危易患者，该病的发生率和患者年龄直接相关，60岁以上感染的危险性是年轻人的2倍。军团菌肺炎大多数为散发性，偶有暴发性流行，流行多发生于旅馆或医院，可能与水污染有关。军团菌感染像厌氧菌一样常被遗漏，除非采用特殊检查技术，如采取呼吸道分泌物进行直接荧光抗体染色和采用特殊培养基进行细菌培养。
近年来由于免疫抑制剂及大量广谱抗生素的应用，条件致病菌、真菌及耐药性细菌的感染也逐渐增多。
可引起老年肺炎的病毒有流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒和腺病毒。最主要的是流感病毒，发生率与年龄相关，70岁以上老年人的发生率是40岁以下者的4倍。在美国，曾持续多年，65岁以上老人占流感相关死亡率的90%。
