应首选对真菌敏感的药物。由于真菌常潜伏于角膜组织内，要求药物与溃疡面保持连续性的接触，使药物在深部组织达到足够浓度，才能消灭或抑制真菌的活动。药物包括多烯类、咪唑类和米嘧啶类等。并发虹膜炎者，应使用1%阿托品眼液或眼膏散瞳。忌用糖皮质激素。对于药物治疗无效的病例，需进行手术治疗，包括清创、结膜瓣遮盖和角膜移植术。

真菌性角膜溃疡是一种由真菌引起的致盲率极高的感染性角膜病变。随着抗菌素和糖皮质激素的广泛使用，以及对于本病的认识和诊断水平的提高，其发病率不断提高。患者可出现眼部刺激症状，如疼痛、畏光、流泪等。

病毒性角膜溃疡是因为感冒等原因引起来的属于病毒性的，真菌性角膜溃疡的是因细菌感染引起的，它的治疗方法是不一样的。