治疗原则和急性结膜炎相同，由于金黄色葡萄球菌的感染常合并眼睑的炎症，所以单纯的短期局部治疗常常无效，需长期治疗，治疗应同时包括眼睑的清洁，可用稀释的比较温和的浴液清洗睑缘，晚上用杆菌肽等抗革兰阳性菌的眼膏；

对病情顽固不愈或伴有酒渣鼻的患者，辅以全身用药，可口服多黏环素，100mg， 1～2次/d，需持续用药数月之久，由于患者缺乏治疗依从性，常常导致治疗失败。

常用的局部抗菌药物包括多黏菌素B、妥布霉素、环丙沙星、氧氟沙星，对于耐药金黄色葡萄球菌的感染可用1%甲氧西林滴眼液。

对于非感染因素引起慢性结膜炎，首先要去除病因，改善工作和生活环境，谨慎应用抗菌药物，以免造成局部菌群失调，加重病情。

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