慢性脑膜炎可见于真菌感染，结核病，莱姆病，艾滋病，梅毒或一些非感染性疾病如肉样瘤病，贝切特综合征以及新生物——例如白血病，淋巴瘤，黑色素瘤，脑部转移癌以及胶质瘤(特别是成胶质细胞瘤，室管膜瘤和髓母细胞瘤)。可见能导致慢性脑膜炎的原因很多，而对大多数感染需要应用高度特异性的药物作较长时期的治疗。故需要根据检查出的病因作出高度特异性的治疗方案。
(1) 肉样瘤性脑膜炎
口服强的松每天总量80mg，连用3周，然后每隔3天将每天总量减少5mg。
(2) 放线菌性脑膜炎
首选药物为新霉素G，每天总量为2000万u，肌内注射或静脉注射(儿童/每日200000u/Kg，)每4小时1次，共分6次给药，至少需连用6周，以后可改用口服青霉素V100/(kg.d)，每6小时1次，分次服用，可继续治疗2~3个月
(3)真菌性脑膜炎
两性霉素B是针对所有真菌或酵母菌的首选药物。对成人，以1mg的试用剂量开始，作缓慢静脉滴注，根据病人耐受情况逐步增加剂量，最高剂量为1mg/(kg.d)不得超出。通常整个疗程的用药总量为2~6g，最佳总剂量尚未确定。对儿童病例，首次试用剂量为0.25mg/Kg，按照0.1mg/ml的比例溶于5%葡萄糖溶液，作持续6小时的静脉滴注。每天增加0.25 mg/Kg的剂量，最高不得超出1 mg/(kg.d)。如果两性霉素B的血浓度能够维持在至少高出药敏试验有效抑菌浓度一倍以上的水平，则疗程不必超出10周。
(4)隐球菌性脑膜炎
两性霉素B(二性霉素B)是目前公认的首选药，它能选择性地与真菌细胞膜上的麦角甾醇结合，增加细胞膜的通透性，使菌体内物质外渗，导致真菌死亡。首次剂量为0.5～1mg，第2天为3mg，第3天为5mg，以后每天增加5mg，直至每天0.5～1mg/kg，新鲜配制溶于5%葡萄糖溶液500ml中，避光、缓慢静脉滴注4～6h以上，总剂量为2～3g，该药静滴中常出现发热、寒战、呕吐等，可在用药前半小时给予解热镇痛药口服或在静滴同时加地塞米松2～5mg，其他常见副作用有低血钾、贫血、皮疹、心肌及肝、肾功能损害等，故应定期作血清钾、肝、肾功能、血常规和心电图等检查。
氟康唑通过抑制细胞色素P依赖酶，抑制细胞膜麦角甾醇的生物合成而发挥杀菌作用，该药易通过血-脑脊液屏障，脑脊液中浓度可达血浆中80%左右，是艾滋病合并隐球菌脑膜炎患者的首选药。可口服或静脉滴注，每天200～400mg，副作用较轻，主要为恶心、呕吐及肝脏损伤。国内姚志荣等1998年报道一组应用二期疗法治疗10例隐球菌性脑膜炎患者，前期两性霉素B (AMB)静脉滴注合并鞘内注射，同时给予氟康唑，至脑脊液培养转阴，继续应用氟康唑100～200mg口服维持，直至CSF直接镜检连续3次阴性后停药，结果10例患者均痊愈，无复发。
(5)结核性脑膜炎
目前对结核性脑膜炎的治疗多采用链霉素(SM)、异烟肼(INH)、利福平(RFP)和吡嗪酰胺(PZA)合并治疗。其中异烟肼INH为最主要的药物，整个疗程自始至终应用。疗程1～1.5年，或脑脊液正常后不少于半年。
一线抗结核药物三联或四联疗法：
(1)异烟肼 利福平 吡嗪酰胺。
(2)异烟肼 利福平 吡嗪酰胺 链霉素治疗。
SM：20～30mg/(kg·d)，每天肌注1次，最大量不超过每天750mg。1～2个月后根据病情改为隔天1次，1～2个月;链霉素可导致听力及前庭功能损害，一般肌内注射不超过2个月。总疗程3个月左右。
INH：10～20mg/(kg·d)，一次顿服，最大量不超过每天400mg，疗程1～1.5年。异烟肼口服或静脉滴注的同时，为防止出现多发性周围神经病等毒副作用应给予维生素B6。
利福平：10～15mg/(kg·d)，最大量不超过每天450mg，疗程6～9个月，必要时1年。
吡嗪酰胺：20～30mg/(kg·d)，口服，每天最大量不超过1.5g，疗程3～6个月。
乙硫异烟胺：10～15mg(kg·d)，每天最大量不超过500mg，疗程6个月，一般为代替RFP或PZA用。
二线抗结核药物如乙胺丁醇成人15～25mg/(kg·d)，儿童15mg/(kg·d),可据情更替上述抗结核物。
鞘内注射抗结核药物问题：自INH广泛应用后，鞘注疗法已较少采用。但对严重的晚期患儿有时可考虑使用。剂量：INH 20～50mg/次，可与鞘注激素同时或隔天交替应用。2～4周为1疗程。