目前LN尚无统一的治疗方案，以控制狼疮活动、阻止肾脏病变进展、最大限度地降低药物治疗的副作用为主要目的。应根据临床表现、病理特征及疾病活动程度制定个体化治疗方案。1986年美国国立卫生研究所提出，联合免疫抑制剂治疗LN的疗效明显优于常规激素治疗，但长期使用糖皮质激素和/或免疫抑制剂如环磷酰胺、硫唑嘌呤、环孢素A等有许多副作用如严重感染、骨髓抑制和性腺抑制、神经内分泌紊乱、骨质疏松、致癌和致畸等，使部分患者不能长期坚持而被迫减量或停药。其他方法比如血浆置换、造血干细胞移植、基因治疗仍在研究阶段。因此，探讨符合卫生经济学、副作用较小的药物治疗称为当前临床研究的重点。
轻度肾脏损害：尿蛋白轻微（<1g/d），尿沉渣无活动性变化，血压、肾功能正常，病理表现为I型或Ⅱ型者仅给予对症治疗，无需特殊处理，但要注意控制肾外狼疮病变活动。
局灶增生性LN：无临床和严重组织学病变活动者，可继续给予对症治疗或小剂量糖皮质激素和（或）CTX，以控制LN活动和阻止病理类型进展。如有弥漫性节段性肾损害、大量蛋白尿、活动性尿沉渣（主要指明显血尿）和血肌酐升高者，治疗同弥漫增殖性LN。
弥漫增殖性和严重局灶增殖性LN：应给予积极的治疗，对处于急性期，病情明显活动的患者，应先给予诱导疗法，待病情稳定，疾病活动得到控制后转入维持治疗。活动性Ⅳ型LN伴近期内肾功能显著恶化者，可使用甲泼尼龙冲击治疗，15mg/（kg·d），静脉滴注，1次/天，三次为一疗程。必要时2周后可重复1次，一般不超过3疗程。冲击后常规激素治疗，泼尼松1mg/（kg·d）×8周，此后逐渐减量，直至5～10mg/d维持。常联合应用CTX（包括CTX冲击治疗），用量及方法见本章前述。对大剂量激素及CTX治疗无效或不能耐受者，可用环孢素或吗替麦考酚酯，常与中小剂量泼尼松联合应用。此型中临床表现较轻者是否给予免疫抑制治疗尚有争议，一般认为低剂量的糖皮质激素和（或）细胞毒药物可防止。肾功能进一步受损。