莱姆病少部分患者可分别出现明显的神经系统症状和心脏受累的征象。神经系统可表现为脑膜炎、脑炎、舞蹈病、小脑共济失调、脑神经炎、运动及感觉性神经根炎以及脊髓炎等多种病变，但以脑膜炎、脑神经炎及神经根炎多见。像其他螺旋体病一样，莱姆病也以病程早期对抗生素治疗收效最佳。治疗方案根据临床对照资料和临床经验而发展。由于很难证实细菌确已清除，而有些症状治疗后还常会持续存在，因此确定抗生素治疗终点并非都是轻而易举的事。
一、西医
1、早期莱姆病的治疗 早期口服抗生素治疗，EM通常都会立即消失，一般不致再发生后期重大后遗症（心肌炎、脑膜脑炎、复发性关节炎等）。因此立即治疗甚为重要，尽管这类病人可能很易复感。
用药：抗生素选择及剂量均见遵医生嘱咐，阿莫西林（amoxicillin）及多西环素（doxycycline）皆常选用。如怀疑同时伴有HGE，青霉素即无效验，应首选多西环素。
副作用：约10%莱姆病患者抗生素治疗24小时内，发生Jarisch-Herxheimer样反应（发热增高，皮疹更红，或疼痛更甚）。无论以何药治疗，约30%～50%病人头痛、筋骨痛及疲惫等可能短暂（数小时至数日）复发，疲惫则可持续较长时间。现在还不清楚发生这些症状的原因，可能为未降解的螺旋体抗原而非活螺旋体所致。抗生素治疗前有播散性证候（多发性皮肤损害、头痛、发热、淋巴腺病）以及Bell样麻痹病人，反应消失迟延的风险最大。
2、较晚期莱姆病的治疗 对莱姆脑膜炎无论是否伴有其他神经证候（脑神经病或神经根神经病），治疗用药：青霉素G静脉注射，每天2000万单位，6次分注，共10天，但实际上疗程常延续至3～4周。
头痛和颈项强硬一般于治疗第2天开始减轻，7～10天消失；运动缺失及神经根痛常需7～8周才能完全消失，但无须以此而延长抗生素疗程。单独Bell样麻痹，口服治疗即可，但这些病人后期残留后发病的风险，比无神经播散证候的早期患者大。
虽然尚未作过系统研究，但这种疗法用于心脏炎，也能在数日中迅速收效。即使在前抗生素时期，心炎一般也能恢复，但未治病例以后发生莱姆病证候的风险甚高。
用药及注意事项：泼尼松40～60mg/d分次服用，过去似能以此加速高度心阻滞的恢复，但在抗生素应用期间，糖皮质激素的应用则须慎重，因为它可能有碍病原体的清除。对青霉素过敏者，改用多西环素（100mg2次/d）是合理的，但尚未作过正式评估。如有二、三度心阻滞，应收住院以利心脏监护及静脉注射抗生素，完全心阻滞者偶须暂时起搏。
德国有一组病例研究表明：青霉素和头孢噻肟治疗急性神经系统莱姆病（脑膜炎或神经根病）疗效相同。澳大利亚9例被认为是莱姆病所致很不寻常的扩大型心肌病，6例似亦由头孢曲松治疗而恢复。
在临床实践中，头孢曲松（每天2g共14～21天）已大致取代青霉素，用于播散性莱姆病的治疗。选择此药，是看重它1次/d服药的治疗方法，比在门诊静脉注射更为方便，而且头孢曲松对CSF的透入性也比青霉素强。但近期研究，多西环素口服3周，对除脑膜炎外的急性播散性病变也同样有效。
3、晚期莱姆病的治疗 抗生素口服及注射，治疗莱姆关节炎有效，但选用任何疗法，也有治疗失败的记录。
用药：推荐多西环素100mg2次/d或阿莫西林500mg3次/d，疗程1～2月。
多数病例都能收效，但完全恢复可能要到治疗结束后3月或更长时间；有些病人以后发生神经病变。治疗期间，应让受累关节休息，关节渗液像任何关节感染一样，也应穿刺抽吸。经过一个以上抗生素疗程仍未收效的病例，关节镜下滑膜切除术（arthroscopic synovectomy）可能取得长期缓解甚至根治。不过即使不作抗生素及手术治疗，持续性莱姆关节炎亦可在数年内消失。
莱姆病较晚期神经合并症的最佳疗法现亦未详，推荐疗法是头孢曲松或青霉素28天静脉注射（表3）。隐性慢性脑病和末梢神经病发生率，仍有争议。如疑有这类病变，应先由神经、神经精神及电生理测试等检查，精心确诊，再来安排严峻或长期抗生素治疗。
棘手病例
用药：现在有人倡用最高可耐受口服剂量的阿莫西林（加丙磺舒）、多西环素甚至抗生素静脉注射的长期疗法，但治疗莱姆病任何证候，疗程1月以上的抗生素疗法，都还缺乏对照经验。
慢性萎缩性肢端皮炎的浸润性损害
用药：青霉素V1g3次/d或多西环素100mg2次/d，疗程30天，一般皆可治愈。
慢性移行性红斑
用药：成人多选用多西环素100mg，2次/d，疗程10天。如症状持续存在或反复，则可延长用药至20天，儿童和孕妇禁用。或采用阿莫西林500mg，每天4次（儿童按每天50mg/kg计算），10天为一疗程。对上述药物过敏者，可用红霉素250mg，4次/d，疗程同前。克拉霉素或阿奇霉素亦可酌情选用。约15%的患者在治疗之初24h发生赫氏反应。
4、硬蜱叮咬的治疗 对于在疫区遭受硬蜱叮咬者抗生素预防性应用，迄今为止完成的研究，都未为这种通常作法提供支持。观察到蜱叮咬，就能使少数将要发生EM的病人得到极早期治疗，这是莱姆病最易治疗的时期。由于硬蜱若虫一般至少须就食48小时，才能传播螺旋体，因此如在这之前清除，即使已受感染，也不可能传播伯氏疏螺旋体。蜱叮咬处应注意发生EM，并向病人交待早期莱姆病的常见症状。
5、孕妇莱姆病的治疗 由于引起回归热和梅毒的螺旋体，都能通过胎盘，莱姆病是否也会如此，引起了关注。伯氏疏螺旋体母婴传播所致新生儿死亡或死产，已有少数报道，原因是妊娠早期发生莱姆病而未获治疗或治疗不当。
用药：在早期可选用阿莫西林500mg，口服，3次/d，连用21天。对晚期患者可每天用青霉素G2000万U，分次静脉点滴，疗程10～14天。 妊娠期间，对疑为莱姆病的孕妇应适当降低治疗门槛，同时也要安慰她们，在这种情况下生下的婴儿，绝大多数是完全健康的。
二、中医
1、针灸治疗：
1、取穴
主穴：分为3组。
1、扶突、曲池、内关、少海；2。环跳（或承扶）、委中，冲门、阳陵泉、马尾神经点、脊髓点；3。翳风、听会，颊车、地仓。
马尾神经点位置：骶椎与尾椎之间。
脊髓点位置：支配瘫痪肢体相应脊髓节段的棘突间隙。
2、治法
第一组用于上肢瘫痪，第二组用于下肢瘫痪，第三组用于面瘫；
据症选取穴位，每两穴组成一对电极，用28号毫针，针刺至出现闪电式传导感。其中，马尾神经点，针尖向上，平刺6～8厘米；脊髓点，宜直刺4～6厘米，使针尖达硬膜外。然后用BT-701A型电针仪，正脉冲不小于25V，负脉冲不小于45V，通电7～15分钟。每日1次，不计疗程，直至神经功能恢复或不再继续进步。一般须治疗半年以上。