胆管梗阻是指胆管排出道的任何一段因胆管腔内病变、管壁自身疾病、管壁外浸润压迫等疾病，造成胆汁排泄不畅甚至完全堵塞的胆管机械性梗阻。这是外科急腹症中死亡率较高的一种疾病，多数继发于胆管结石和胆道蛔虫症。但胆管狭窄和胆管肿瘤等病变有时亦可继发此症。上述疾病造成胆管阻塞，胆汁郁积，以及继发细菌感染。致病菌几乎都来自肠道，经乏特壶腹或经胆肠吻合口的通道逆行进入胆道。
细菌亦可通过血行或淋巴通道进入胆道。致病菌主要为大肠杆菌，克雷白菌，粪链球菌和某些厌氧菌。
在原有结石等阻塞性疾病的基础上发生胆管感染，胆管粘膜充血水种，加重胆管的梗阻，胆汁逐渐变成脓性，胆管内的压力不断增高，梗阻近侧的胆管逐渐扩大。在含有脓性胆汁的胆管高压的作用下，肝脏可肿大，肝内小胆管及周围的肝实质细胞亦可发生炎性改变。
肝细胞产生大片坏死，可形成肝内多发性小脓肿。胆管也可因感染化脓造成溃疡和胆道出血。由于胆管内高压造成肝内毛细胆管破溃，脓性胆汁甚至胆栓即由此经肝内血窦进入血循环，造成菌血症和败血症。少数还可发生肺部脓性栓塞。在后期，可发生感染性休克、肝肾功能衰竭或弥漫性血管内凝血等一系列病理生理性变化，此即为急性梗阻性化脓性胆管炎或称急性重症胆管炎。这些病理改变一旦发生，即使手术解除了胆管高压，但在肝实质和胆管仍会留下损害，这也是本症的严重性的存在。
胆管阻塞后病理改变取决于以下三个因素：
（1）胆管内压持续升高或间断波动升高，亦即阻塞呈完全性或间断不完全性；
（2）阻塞产生前胆管壁的组织学及生理功能状况，亦即胆管壁的弹性收缩功能；
（3）流体力学Laplace定律的影响，当压力相同时，胆管内大小与管腔内径成正比，即同样压力下，胆总管承受压力大于肝内胆管；另外胆管扩张程度与梗阻时间成正比。这三个因素相互作用，在形态上表现胆管腔、胆管壁及原发或继发胆管腔内胆汁成分改变，它们反映在CT图象上并作为诊断依据。