生殖器疱疹目前尚无特效根治方法，治疗原则为缩短病程，减轻症状，防止继发感染和并发症；防止病情复发。中医强调辨证论治，扶正祛邪，既可提高机体抵抗力，又可直接灭活和清除病毒。中医辨证分为两型：
（1）肝经湿热证：症见生殖器部位出现红斑、群集小疱、糜烂或溃疡，甚至局部出现脓疱，灼热，轻痒或疼痛；伴口干口苦，小便黄，大便干结，或腹股沟淋巴结肿痛；舌红，苔黄腻，脉滑数。治疗应给予清热利湿，化浊解毒，方选龙胆泻肝汤加减，常用药物有板蓝根30克、大青叶30克、马齿苋30克、胆草10克、栀子lo克、泽泻15克、柴胡10克等，水煎服，每日一剂。
（2）阴虚邪恋证：症见外生殖器反复出现潮红、疱、糜烂、溃疡、灼痛，日久不愈，遇劳复发或加重；申疲乏力，腰膝酸软，心烦口干，五心烦热，失眠；舌质红，苔少或薄腻，脉弦细数。治疗应滋阴降火，解毒除湿。方用知柏地黄丸加减，常用药物有：母10克、黄柏lo克、熟地10克、山药20克、山萸6克、茯苓15克、生黄芪10克、白花蛇舌草30克、柴胡10克、酸枣仁30克等，水煎服，每日一剂。
中药也可外用治疗疱疹，常选用马齿苋、野菊犯汕萨鼎地榆、苦参各30克，水煎外洗，每日2--3次；洗后外涂青黛散。
花草清毒汤治疗生殖器疱疹效果好
花草消毒汤具有清热解毒、凉血泻火、收敛利湿等作用，对生殖器疱疹疗效稳定，治愈率高，不易复发。方中金银花、蒲公英清热解毒为主药；龙胆草、白花蛇舌草、鱼腥草配合主药，加强治疗作用，兼有收敛利湿、消痈散结的功效；黄芪、党参、当归补气养血；苦参清肝泻火，清利下焦湿热；生甘草调和诸药。全方具有清热、解毒、收敛、化湿、补气养血等功效，攻邪与扶正并重，真正达到了调节免疫功能和抗病毒合而为一的双重功效，是治疗生殖器疱疹有效的药物，且无不良反应。
花草清毒汤需在医生的指导下辨证施治。
花草清毒汤组成：金银花30g，蒲公英30g，白花蛇舌草30g，鱼腥草30g，薏苡仁18g，黄芪18g，当归15g，党参12g，苦参10g，蓖薢10g，龙胆草6g，生甘草6g。每日一剂，早晚分服，治疗20天为一个疗程。