肺脓肿的检查需要与多种疾病做出鉴别，这是因为肺脓肿的发生与支气管阻塞有着密切的关系，导致肺脓肿的症状与一些气管类炎症有不少相似的地方，是检查诊断的一个难点，加上，肺脓肿的直接病因是因为肺部感染，很容易诱发气管类的疾病，区别其与气管类疾病的，有利于制定正确的治疗方案和预防并发症。
慢件支气管炎
慢件支气管炎多发生在40岁以上的患者，咳嗽、咳癌症状以冬、春季为土，痰为白色泡沫样就痰，感染急性发作期可呈脓件，但痰量较少，且无反复咯血病史；肺部的下湿哆旨散在分布c借此可与支气管扩张相鉴别。
肺结核
肺结核可有慢性咳嗽、咳痰，但常有午后低热、盗汗、消瘦等全身结核中毒症状，且痰量少。病变多位于上叶，典型体征为肺尖或锁骨下区轻度浊音及细湿哆音。x线检查可发现病灶，钙化常较明显，痰内可查到结核杆菌o
支气管肺癌
支气管肺癌的患者多出现干性支气管扩张，且干性支气管扩张以咯血为主要表现，有时与肺癌较难鉴别：但是后备多见于40岁以上的男性、吸烟患者，常伴有不明原因的消瘦，部分患者还可出现异位内分泌等伴项综合征表现。进行胸部x线检查、纤维支气管镜检查、痰液细胞学检查等，可作出鉴别。
细菌性肺炎
早期肺脓肿与细菌性肺炎在症状及X线表现上很相似。细菌性肺炎中肺炎球菌肺炎最常见，常有口唇疱疹、铁锈色痰而无大量黄脓痰。胸部X线片示肺叶或段实变或呈片状淡薄炎性病变，边缘模糊不清，但无脓腔形成。其他有化脓性倾向的葡萄球菌、肺炎杆菌肺炎等。痰或血的细菌分离可作出鉴别。
肺囊肿继发感染
其区别在于肺囊肿呈圆形、腔壁薄而光滑，常伴有液平面，周围无炎性反应。患者常无明显的毒性症状或咳嗽。若有感染前的X线片相比较，则更易鉴别。
空洞性肺结核
空洞性肺结核发病缓慢，病程长，常伴有结核毒性症状，如午后低热、乏力、盗汗、长期咳嗽、咯血等。胸部X线片示空洞壁较厚，其周围可见结核浸润病灶，或伴有斑点、结节状病变，空洞内一般无液平面，有时伴有同侧或对侧的结核播散病灶。痰中可找到结核杆菌。继发感染时，亦可有多量黄脓痰，应结合过去史，在治疗继发感染的同时，反复查痰可确诊。