真菌性肺炎的治疗，关键是抗真菌药物的应用，而这些药物就是我们平时常常说的抗生素，使用抗生素有各种副作用，与其他药物共同使用会有许多不良状况发生，所以使用时也有很多注意事项，并且一旦产生抗药性，治疗效果就会大打折扣，所以治疗的时间要尽可能地短，在饮食方面也要特别注意，配合药物效果的发挥。
药物
（1）二性霉素B：对深部念珠菌有强大的抑制作用，是目前治疗深部念珠菌病主要药物，但此药的副作用较大，静滴不久即可出现高热、寒战、恶心、呕吐等反应，长期应用对肝、肾、心肌有毒性作用，所以疗程不要过长。用法：50mg/kg•日，先将此药用注射用水10ml溶解，然后加入5%～10%葡萄糖液中稀释成0.1mg/ml的浓度静滴，6～8小时滴完，滴注时药瓶用黑纸包裹避光。
（2）5—氟胞嘧啶：对念珠菌有良好的抑制作用，单用效果较二性霉素B差，但若两药合用，有协同作用，可增加疗效。副作用较二性霉素B小，应用时可出现消化道症状，长期应用少数患儿可有肝、肾损害、骨髓抑制等。用量：100mg/kg•日，分3～4次口服或加入液体内静脉输入。
（3）大蒜素：有抑制真菌及抗菌、消炎作用。小儿每日10～40mg，加入5%葡萄糖液（不得少于稀释4倍）静脉滴入，每日1次，疗程2周～2个月。副作用少。
（4）球红霉素：抗菌作用与二性霉素B相同，对念珠菌有较好的抑制作用，但与二性霉素相比，抗菌作用较弱，毒性也较小。用法：首次40～100μkg，每次增加40～100μkg，逐渐增至 600～ 800μkg/次，每日或隔日1次，静脉滴注。
注意事项
1、发现本病后，应停止使用广谱抗生素、肾上腺皮质激素、免疫抑制剂等。
2、加强护理及营养，进行全身支持疗法及对症处理：注意补充维生素B族，饮食中要有足够的营养和热量；注意水、电解质平衡；必要时输新鲜血液以提高机体免疫力。