肺炎支原体感染人体后，经过2~3周的潜伏期，继而出现临床表现，约1/3的病例也可无症状。它起病缓慢，发病初期有咽痛、头痛、发热、乏力、肌肉酸痛、食欲减退、恶心、呕吐等症状。发热一般为中等热度，2~3天后出现明显的呼吸道症状，突出表现为阵发性刺激性咳嗽，以夜间为重，咳少量黏痰或黏液脓性痰，有时痰中带血，也可有呼吸困难、胸痛。发热可持续2~3周，体温正常后仍可遗有咳嗽。
支原体肺炎患者虽然自感症状较重，但胸部体检一般无明显异常体征。鼻部轻度鼻塞、流涕，咽中度充血。耳鼓膜常有充血，约15%有鼓膜炎。颈淋巴结可肿大。约10%~15%病例发生少量胸腔积液。除呼吸系统的表现外，支原体肺炎可伴发多系统、多器官损害。皮肤损害可表现为斑丘疹、结节性红斑、水疱疹等。胃肠道系统可见呕吐、腹泻和肝功损害。血液系统损害较常见溶血性贫血。中枢神经系统损害可见多发性神经根炎、脑膜脑炎及小脑损伤等。心血管系统病变偶有心肌炎及心包炎。
支原体肺炎患者胸部X线检查变化很大，病变可很轻微，也可很广泛。体征轻微而胸片阴影显著，是本病特征之一。血常规检查白细胞高低不一，大多正常，有时偏高。
支原体肺炎的临床表现和胸部X线检查并不具特征性，单凭临床表现和胸部X线检查无法做出诊断。若要明确诊断，需要进行病原体的检测。目前，国内支原体肺炎的诊断主要依靠血清学检测。
临床症状如头痛乏力、肌痛、鼻咽部病变咳嗽、胸痛、脓痰和血痰肺部X线表现和化验室检查如冷凝集试验等有助诊断。
起病较缓慢多数为咽炎、支气管炎的表现，10%为肺炎症状主要有寒战、发热、乏力头痛、周身不适，刺激性干咳伴有粘痰、脓痰，甚至血痰重者可有气短，剧咳时有胸痛；也可有恶心、食欲不振呕吐，腹泻及关节痛、心肌炎、心包炎、肝炎、周围神经炎脑膜炎、皮肤斑丘疹等肺外表现。
潜伏期2～3周起病缓慢，约1/3病例无症状。以支管-支气管炎肺炎、耳鼓膜炎等的形式出现，而以肺炎最重发病初有乏力、头痛、咽痛发冷、发热、肌肉酸痛食欲减退、恶心、呕吐等头痛显著。发热高低不一，可高达39℃2～3天后出现明显的呼吸道症状，如阵发性刺激性咳嗽，咳少量粘痰或粘液脓性痰有时痰中带血。发热可持续2～3周。热度恢复正常后尚可遗有咳嗽伴胸骨下疼痛，但无胸痛。