1 诊断 凡体表部位具有典型疱疹损害者诊断不难；对损害仅存在于腔道深处，如生殖道、呼吸道、直肠的患者，倘疏于全面仔细的体检，则有可能误诊；对仅系内脏疱疹损害，而身体浅表等易暴露部局限性损害，或呈脑组织弥漫性病变，CT和MR等影像学检查显示有额、颞叶的软化灶；⑦双份血清和脑脊液HSV抗体检查有显著变化趋势；⑧病原学检查阳性，如PCR检测脑脊液提示有HSV感染等。通常有前5项改变即可诊断，有后3项更支持诊断。但应注意的是，流行病学资料有时并不一定能收集到。例如，在部分新生儿HSV感染者的生母中。并无单纯疱疹发病史或明确的接触史，从而给临床诊断造成很大困难。此类疑难病例的确诊有赖于采集临床标本，甚至活组织检查，以搜索单纯疱疹病毒感染存在的证据。疑新生儿及患有宫内HSV感染者，血清（可采脐血或足跟血标本）IgM型HSV抗体检测阳性即可确诊。
由于成年人群中有很高的HSV抗体检出率，大多获自隐性感染，且抗体的存在尚不能完全保护机体免受疱疹病毒的重复感染，故对于成人疑难病例.HSV抗体检测阴性有助于排除单纯疱疹（倘若存在免疫应答功能缺陷者即不在此例）：而HSV抗体检测阳性则对临床诊断帮助不大，此时必须搜索单纯疱疹病毒在患者体内存在的直接证据，例如采用免疫荧光拉术检测单纯疱疹病毒抗原蛋白，采用原位杂交或PCR技术检测单纯疱疹病毒基因成分等。确诊可依据病毒培养，血清转换。血清中相应血清型抗体滴度升高（原发感染）及活检结果。
2 鉴别诊断
（1）带状疱疹：体表部位的单纯疱彦应注意与带状疱疹鉴别。带状疱疹通常疼痛较剧烈，疱疹面积较广泛且沿皮区分布，很少复发。此外应与水痘。疱疹样皮眭病特别是疱疹样皮炎和药物性皮疹鉴别。
（2）生殖器疱疹应与其他原因引起的生殖器溃疡鉴别。
（3）原发性单纯疱疹可导致疱痔性龈口炎，当初起为局限性病灶时，可与阿弗他口炎相似。但原发性疱疹常侵及附着龈和其他组织。而阿弗他口炎不会侵及附着龈。
（4）诊断单纯疱疹性脑炎需排除其他病毒性脑炎如乙型病毒脑炎、腮腺炎病毒脑炎、麻疹病毒脑炎等，同时也应注意排除脑脓肿、急性播散性脑脊髓炎、恶性肿瘤等疾病。