单纯疱疹病毒入侵后，可在入侵局部造成感染；但一般情况下，病毒沿该局部的神经末梢上行，传入至神经节内，经2～3天短暂时间的复制后，病毒进入潜伏感染状态，上述短暂复制期间并不产生完整的感染性病毒颗粒，在适当条件下，单纯疱疹病毒可被激活而大量复制，再沿该神经节的神经分支下行播散到外周支配区域组织的细胞内，导致疱疹发作，局部感染较重时，病毒可沿淋巴管上行扩散导致淋巴结炎；在机体免疫功能低下时，可形成病毒血症，发生全身播散性感染。

单纯疱疹病毒感染的重要特点是，病毒可长期潜伏于体内，其间可因受激惹而反复发作，其机制系因病毒入侵后可长期潜伏在病损部位神经支配区域的神经节内，如三叉神经节，迷走神经节，骶神经节等，潜伏的病毒基因组游离存在于神经细胞内，甚至可整合于宿主细胞染色体上，当其受到某种因素激惹后即可活化，病毒沿神经干下行扩散到所支配区域色质固缩，产生特征性的细胞核内嗜酸性包涵体（Cowdry A包涵体）；相邻受染细胞的胞膜融合，形成多核巨细胞；细胞坏死崩解后形成单房性薄壁水疱，四周可绕以红晕，局部呈炎症反应，在初发性疱疹患者，围绕水疱周围出现的深层炎症反应较重，复发性疱疹则较轻，水疱溃破后表层脱皮，数小时内产生浅表性溃疡，皮肤黏膜部位的疱疹损害多局限，但新生儿及免疫力低下者，则可能形成病毒血症，甚至全身性感染，累及重要脏器，对于疱疹性脑炎或新生儿播散性疱疹患者，其实质器官病灶处的充血反应乃至出血性坏死现象比皮肤损害处更为显著，故病情较严重。

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