腹泻患者应行血常规、电解质、血气分析等检查。急性感染性腹泻时，有外周血白细胞增多；肠道寄生虫病时可有血嗜酸粒细胞增多，如血吸虫病、类圆线虫病、肉孢子虫病等。肠结核、溃疡性结肠炎、克罗恩病时，血沉增快、贫血、血白蛋白降低等；吸收不良患者常有低蛋白血症、血维生素B12、叶酸浓度降低等。沙门菌感染时可进行血培养以协助诊断，血清学试验检测病原抗体，对诊断也有帮助，如阿米巴痢疾、孢子虫病、梨形鞭毛虫病等
X线检查：胃肠道X线检查可以发现胃肠道肿瘤、畸形，观察胃肠道黏膜形态、小肠分泌吸收及胃肠动力。根据病情需要，可选择腹部平片、胃肠钡餐、钡剂灌肠等检查。
钡餐检查显示小肠扩张，分泌增多，钡影呈絮状分布不均，黏膜皱襞改变时，常提示为小肠吸收不良，如乳糜泻、Whipple病。钡剂灌肠检查是慢性腹泻的常规检查，对结肠肿瘤、溃疡性结肠炎、结肠克罗恩病、阿米巴痢疾等诊断有帮助。ERCP对诊断胰源性吸收不良，腹部CT对肿瘤诊断有价值。
大便检查：应注意大便量、外观、性状，有无食物残渣、黏液、血和脓液。显微镜检查应注意红白细胞、虫卵、原虫、食物残余。感染性腹泻者还应行粪便病原学检查。大便检查标本应尽量新鲜，避免尿液污染，此对阿米巴原虫检查尤为重要。
大便中含白细胞者，表示肠道黏膜受损，常见于痢疾杆菌、沙门菌、弯曲菌、耶尔森菌、侵袭性大肠杆菌、分支杆菌、溶组织阿米巴原虫等所致结肠炎，以及溃疡性结肠炎、克罗恩病、假膜性肠炎等，其白细胞分类以中性粒细胞为主。伤寒患者粪便中白细胞以单核细胞为主，过敏性肠炎时大便可发现嗜酸性粒细胞[17]。
不侵犯肠黏膜的腹泻，如霍乱、病毒性肠炎、隐孢子虫病、肠毒索性食物中毒等，粪便中常无白细胞或极少。脂肪泻患者大便有大量脂肪滴，可用苏丹Ⅲ染色证实，胰源性腹泻者常有未被消化的肌肉纤维。缺血性肠炎、肠道肿瘤等大便隐血试验阳性或可见血性大便。肠易激综合征患者大便常有黏液[18]。
大便显微镜检查可发现梨形鞭毛虫、肠滴虫、结肠小袋纤毛虫、溶组织阿米巴原虫、钩虫卵、蛔虫卵、血吸虫卵、类圆线虫卵或仔虫、毛线虫卵等，对疾病诊断有重要价值。疑为霍乱、弯曲菌肠炎时，应作粪便悬滴试验，霍乱弧菌呈流星样快速运动[19，20]。大便硫酸锌漂浮法可用于原虫包囊及寄生虫卵检查，疑为血吸虫病时应做大便毛蚴孵化试验。
电镜或免疫电镜检查病毒颗粒，为诊断病毒性肠炎重要手段。轮状病毒、腺病毒，可采用酶联免疫吸附试验、快速乳凝试验等免疫学方法检测其抗原。
致病菌的分离培养是诊断细菌性肠道感染的重要方法，必须在疾病早期，应用抗菌药物之前留取粪便的脓血部分，或在结肠镜检时留取标本进行。疑为细菌性食物中毒时，还应同时对呕吐物、可疑食物进行细菌分离，并进行型别及产毒素能力鉴定，大便、呕吐物及食物中分离细菌一致时方能肯定诊断。一般病原菌分离在发病3天内阳性率可达20%～，3天以上者培养阳性率很低。
大便培养时，标本应立即接种，多次培养。以本地区常见致病菌为常规分离对象，特殊病例再选用特殊培养方法。大便电解质、pH、溶质差测定对渗透性腹泻、吸收不良综合征有一定诊断价值。
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