对每一个呕吐的新生儿都应该进行全面的体格检查观察有无全身感染的体征，神经系统疾病的征象和代谢性疾病的迹象，重点应注意腹部和神经系统体征腹壁肠型、肠蠕动液、气过水声为器质性肠梗阻的表现：全腹普遍性胀气，应考虑感染性疾病、新生儿坏死性小肠结肠炎中枢神经系统疾病和低位性肠梗阻；上腹部隆起，下腹部凹陷，见于幽门和十二指肠梗阻；肥大性幽门狭窄肠套叠和腹部肿瘤，可在腹部手扪及肿块；肝浊音界消失提示气腹。
此外应注意是否有腹部压痛腹肌紧张、腹股沟疝等情况。神经系统检查应注意是否有颅缝开裂脑膜刺激症和视乳头水肿等。
新生儿呕吐辅助检查：
（1）新生儿呕吐鼻胃管检查 是一种简单有效的检查上消化道畸形的方法当遇到母亲羊水过多，或出生后短期内婴儿出现口吐螃蟹样泡沫时，应该在产房内下鼻胃管检查正常时鼻胃管能够顺利进入胃内，并抽出少量液体，如鼻胃管下降受阻或从口腔或鼻腔内折返回来提示食管闭锁。
（2）新生儿呕吐X线检查
①腹部透视和摄片 腹部透视和摄片是新生儿呕吐时最常用的诊断方法为了更好地观察胀气的肠曲和液平，应该采用立位透视和摄片，也可以采用侧位水平投照法摄片。
正常新生儿出生后15--60分钟肠道内气体可到达空肠，2--3小时到达回肠，3小时后到结肠5--6小时后横结肠、降结肠均有气体分布。出生24小时后胃小肠、结肠均有气体分布。正常新生儿肠道内气体比儿童多且小肠内气体较多，气体多不能视为肠梗阻的表现。主要应该观察肠道气体分布情况有无胀气的肠曲和液平，根据胀气肠曲的形态和分布情况，可以推测梗阻性疾病的性质和部位还应该重视肠道气体出现的时间，如生后24小时直肠内仍无气体，往往提示肠道梗阻性疾病腹腔内出现游离散气体，提示胃肠道穿孔，肠腔或腹腔内发现钙化影有助于胎粪性肠梗阻和胎粪性腹膜炎的诊断。
②钡餐或钡灌肠检查 可以观察食管胃和肠道的形态和功能，对消化道疾道德败坏的诊断有重要价值，疑有胃肠道完全性梗阻或穿孔的新生儿禁用钡剂造影，疑有食管闭锁或食管气管瘘者可用水溶性碘剂造影，并于造影后及时将造影剂吸出。
③超声检查 超声检查对腹水的探查腹部肿物部位和性质的诊断、腹腔内游离气体的存在等，都具有很高的敏感性和特异性对胆总管囊肿、肾上腺皮质增生症、新生儿坏死性小肠结肠炎等疾病的诊断方面都优于X线检查现在，肥大性幽门狭窄的超声检查已经基本取代了钡餐检查。超声检查不仅可以观察到胃肠道的某些改变而且能直接观察肝胆系统、泌尿系统、循环系统等改变及其对消化道的影响对呕吐病因的诊断有很大帮助。
④胃镜 新生儿常需在全身麻醉下进行临床应用较少。胃镜检查可以对粘膜充血、出血水肿、溃疡、瘢痕肿瘤和先天畸形等情况进行直接的观察，对某些食管、胃部疾病具有确诊意义。