准确的诊断是有效治疗的前提。对于人体运动功能障碍的诊断首先需要确定运动障碍是由神经系统的病理改变？还是骨关节或肌肉的病理改变引起的。 脑和脊髓以及外周神经的损伤会引起运动和感觉功能障碍，这些问题可以求得神经科医生得到确诊。外周神经受到压迫时会感觉麻而不会疼。一般情况下如果出现明显的运动障碍和显著疼痛的时候骨关节损伤的可能性较大。
在肌肉损伤里，只有急性肌肉损伤才会伴有明显的疼痛；慢性肌肉损伤比急性肌肉损伤多发常见、它一般没有明显的疼痛但会对于人体的正常姿势和完成动作的能力有不同程度的影响。因此，可以根据神经系统、骨关节系统和肌肉系统在受到损伤时所表现的疼痛和运动功能障碍的特点区分是神经损伤还是骨关节或肌肉损伤。
其次，对于肌肉损伤的诊断需要以分析运动功能障碍为主、疼痛为辅，比较容易找到损伤的肌肉。肌肉损伤是病因，而疼痛和运动功能障碍都是肌肉损伤的病征、是结果。如果以治痛为主就容易走到使用药物镇痛而忽视追查肌肉疼痛的原因。另外，肌肉损伤在多数的情况下疼痛并不明显，特别是当疼痛在骨关节而原因在肌肉的情况下，例如：疼在跟骨小腿三头肌的止点而根源却是比目鱼肌由于过度工作所引起的结构改变、肌肉僵硬、伸展能力下降；屈膝下蹲时膝痛膝软可能是由于过度负荷导致股内肌部分肌束形成僵条索，牵引髌骨内移；过多的跑、跳或行军过度负荷使趾长屈肌的结构改变、僵硬缩短而牵扯骨膜导致胫骨疲劳性骨膜炎等等。在上述的情况下，疼在骨或关节，根源却在肌肉。这时仅仅根据疼痛进行诊断就不能找到病因。但肌肉损伤必然带有不同程度的身体姿势和动作活动的改变，对于这些改变进行肌肉工作分析就可以准确地找到损伤的肌肉。因此，对于肌肉损伤的诊断应以分析运动功能障碍为主、疼痛为辅。
第三、进行肌肉工作分析准确地找到损伤的肌肉。
从身体姿势的改变和运动功能障碍通过肌肉工作分析找出导致功能障碍的主要损伤的肌肉。
对于患者的身体姿势和肢体活动的异常改变进行肌肉工作分析需要熟悉人体各重要器官系统的解剖结构，特别是肌肉和骨关节系统的结构和功能。要特别注意通过反向思考，找到引起运动功能障碍的肌肉。例如：不能完成屈的动作也可能是受伸肌的限制；不能外展是因为内收肌的制约；不能旋外是受旋内肌影响。此外，熟悉生活、劳动和运动的动作有助于肌肉损伤的诊断。
第四、肌肉损伤的诊断和治疗还需要确定损伤的病位病所。
在肌肉损伤的诊断和治疗时还需要确定损伤的主要肌肉和次要肌肉？损伤的主要部位是在筋膜还是肌肉？是在肌肉的起止点还是主要在肌腹等等。根据我们在实验研究和临床治疗的结果可以认为：肌肉损伤的主要病位在肌腹肌细胞内收缩结构的改变，收缩结构恢复正常，肌肉起止点的症状常可自然消失。
