常见的两种肺水肿为高压性肺水肿和高通透性肺水肿，根据病史、症状、体检和影像学表现常可对高压性和高通透性肺水肿做出明确诊断，尤其重症肺水肿诊断并不困难，特别是心功能不全引起的肺水肿。但由于心源性与非心源性肺水肿在处理上有所不同，二者必须加以鉴别。
高压性肺水肿通常由血容量增加或心力衰竭引起，多有各种可引起急慢性充血性心衰的心脏病史，如心肌炎、心肌病、瓣膜性心脏病、冠状动脉粥样硬化、高血压等，因此可见多种心脏和血管体征：强迫坐位、颈静脉充盈甚至怒张、心界扩大、心脏杂音、心律不齐、奔马律、交替脉、肝脏增大伴触痛、肝颈静脉回流征和周围型水肿都提示心脏功能异常。但是，肺水肿可能是无症状性心肌梗死和左心室舒张功能不全的唯一表现。心脏听诊时可发现大多数患者有心率增快。其原因主要与低氧血症有关，心率增快的幅度依低氧血症的程度而定，也可受到临床用药的影响。高通透性肺水肿患者往往没有上述心脏病的症状和体征。
两者鉴别有困难时最好的方法是进行血流动力学测定。高通透性肺水肿者（以ARDS为代表）左房压正常，PCWP≤12mmHg，而高压姓肺水肿者（以充血性心衰为代表）PCWP>18mmHg。故可以认为PCWP<18mmHg时能够除外高压性肺水肿，但反之需注意PCWP>18mmHg时不能只考虑高压性而除外高通透性肺水肿，因为两者可同时存在。但由于该检查为一创伤性检测手段，并非每个医疗机构都能常规应用，相当多的患者无法接受这一检查。
测量气管插管内吸出的肺永肿液和血浆的蛋白浓度。是区分高压性肺水肿和高通透性肺水肿的另一方法，且为快速、非侵入性。因为在高压性肺水肿中，微血管屏障功能是完整的，血浆蛋白主要局限于血管内，与血浆蛋白浓度相比，肺水肿液蛋白浓度较低（肺水肿液蛋门浓度与血浆蛋白浓度比值<0.6）。在高通透性肺水肿中，因为微血管的屏障功能受损不能有效地把血浆蛋白限制在血管内，肺水肿液蛋白浓度与血浆蛋白浓度比值增高（比值>0.7）。中间值（0.6～0.7）提示两种类型的水肿同时存在。但该检查的限制在于其只适用于气管插管的病人，故临床应用仍较为局限。
当无法进行上述检查时，对临床有更多实际意义的鉴别方法是详细询问病史、密切分析患者的临床表现和对试验性治疗的反应。其中最为重要的是患者对利尿剂治疗的反应和治疗后肺部浸润阴影消散的时间：利尿后心影迅速缩小伴肺部阴影在1～2天内迅速消散者多为充血性心衰导致的高压性肺水肿；反之则提示为ARDS等原因引起的高通透性肺水肿，因为前者的发病机制仅为肺毛细血管静水压升高，一旦静水压恢复正常肺水肿即会立即消散；而后者的病理基础为肺毛细血管膜损伤，不可能在几天内修复。