乙脑是蚊虫传染的，灭蚊是预防乙脑最根本、最有效的办法。除了消灭蚊子外，还防止蚊子叮咬，如装纱门、纱窗。睡觉的时候，可以挂上蚊帐或点上蚊香，另外，在乙脑流行期间，晚上最好不要让孩子光背在外面睡觉，以减少传染的机会。
10岁以下儿童应在4～5月份开始接受流行性乙型脑炎疫苗注射。据上海市传染病院统计，凡注射了疫苗的一般都不发病，即使发病也很轻。所以家长不应忽视按时给孩子注射乙脑预防针。
二是做好疫苗预防接种这是预防与控制乙脑最经济、有效的措施。我国乙脑病例中10岁以下儿童占80%以上，5岁以下占50%。一般要求1岁接种2次，2岁加种1次，5岁再加种1次，共4次，若有遗漏者应去地区卫生服务中心补种，外来人口中有遗漏接种者也应去补种。
三是加强动物传染源管理，搞好家禽、家畜棚舍的环境卫生。
四是搞好预防接种，及时注射乙脑疫苗。注射乙脑疫苗效果明显，保护率高。流行地区接种对象一般为6个月以上、10岁以下的儿童。乙脑灭活疫苗第一年需注射2次，间隔7～10天，以后每年加强一次；减毒活疫苗不分初免，每年一针至6岁，可获得持久免疫力。注射剂量为6～12个月婴儿0.25毫升；1～6岁0.5毫升；7～15岁1毫升；16岁以上每次2毫升。因为疫苗接种后，大约40天左右才产生免疫力，所以一定要提前接种。在乙脑流行季节，用大青叶、板兰根、银花各15克水煎服，每日1剂，连服7天，有预防作用。平时要注意增强孩子的体质，提高抗病能力。同时，普及乙脑的防病知识，及时发现病人，早隔离，早诊断，早治疗，尽量减少乙脑对人类健康的危害。
乙型脑炎病儿常在数日内病情迅速加重，所以应在医院治疗，并积极配合医生的检查和治疗，如腰椎穿刺输液等。不要因疼爱孩子延误诊断。病儿应隔离在有防蚊设施（沙门、沙宙、蚊帐）、凉爽（室温低于30℃）、安静的病室内。发热时应多补充水分，可给西瓜水，绿豆汤，豆浆，牛奶，米汁，菜汤等清凉流质食物。对高热多汗病儿应勤擦皮肤。用热毛巾定期擦摩骨隆起处（如骶、尾部等）皮肤，以防褥疮发生。