牙菌斑为牙菌斑的主要致病菌，因此对于牙菌斑的清除非常重要，现对清除牙菌斑的主要方法描述如下。牙菌斑在牙面是不断形成的，清洁牙面后新的牙菌斑又会出现，因此每个人要从小养成早晚刷牙，饭后漱口的好习惯，并持之以恒、贯穿终生，在一生中要不断的、彻底的清除牙菌斑，以保持牙齿健康。下面介绍几个清楚牙菌斑的方法。
1。刷牙：刷牙是清除牙菌斑的基本措施，也是最重要的一种方法。如果刷牙得当就可以使牙齿表面的牙菌斑量大为减少。因此我们必须养成每天早晚刷牙的好习惯，并掌握正确的刷牙方法。
2。牙线： 单纯采用刷牙的方法不能有效的清除牙齿邻面的牙菌斑，因此需要使用其他一些辅助用品。牙线是其中之一， 牙线能有效的清除牙齿邻面的牙菌斑，预防牙周疾病和邻面龋。
3。牙签： 在牙龈萎缩，牙与牙之间出现间隙（牙缝）的情况下，就要借助牙签来清除牙齿邻接面的食物、软垢和部分牙菌斑。目前我国市场上出售的牙签的横断面是圆形的，国外也有横断面为三角形的牙签。
4。牙间刷： 牙间刷由刷毛和持柄两部分构成，在设计和规格方面有多种多样，可根据牙间隙的大小进行选用，能有效清除牙齿邻接面的牙菌斑。
5。牙膏： 刷牙时要使用牙膏用以摩擦牙面，加强刷牙时清除牙菌斑的作用，使牙齿清洁美观。牙膏中的芳香剂还有爽口、减轻口臭的作用。若在牙膏中加入一些药物称为药物牙膏。通过用药物牙膏刷牙可起到一些相应的作用，但若有牙病还是要先去看牙医，听听医生的建议，而不能单纯依靠某种牙膏来自行治疗您的牙病，以免耽误您的病情。
6。漱口和漱口液： 漱口是清洁口腔的一种方法，主要原理是利用液体在口内流动的冲击力来清除滞留的食物残渣，但漱口不能清除牙菌斑。在漱口水中加入一些药物成分，称为漱口液。漱口液可减少牙菌斑的形成，对减少龋病和牙周疾病的发生起一定作用，但也不能滥用。