皮肤型的HPV人群感染率非常普遍，如上述常见的寻常疣、趾疣、扁平疣等，无法得到具体的感染率，比较引起注意到是高危型的HPV感染和外生殖器的低危型HPV感染造成的生殖器疣和宫颈癌，据统计在全球的性病中，HPV感染引起的生殖器疣占15-20%。
关于女性生殖道感染HPV的流行情况，据2003-2004年来自美国的国家健康和营养研究课题的一个调查结果显示，14-59岁的HPV总感染率为26.8%，所以HPV感染在女性造成的负担超出之前的估计。我国的HPV 感染的流行病学筛查未见大样本的报告，但是由HPV感染造成的性病中的尖锐湿疣的发病率在迅速上升，估计发病率应该是性病中最多的，因为存在大量的漏报和不报。我国每年约有13.15万新发现的宫颈癌，报告中发病率和死亡率有增加趋势，且宫颈癌发病年龄年轻化，可以预见Hpv感染造成在我国造成的损失的巨大。
各种常用方法的优缺点和选择
（1）激光和电灼疗法：适用于多数的临床情况，具有准确定位，对周围正常组织损伤小，缺点：治疗深度需要熟练的操作者控制，伤口深愈合慢，尤其在外生殖器部位，伤口易出血和感染，容易出烟雾引起空气污染和医源性感染，所以需要严格的个人防护。所以对于疣体之间距离比较近、数量非常多，巨大疣体等不太适用。
（2）：微波治疗：也适用于多数的临床情况，具有准确定位，对周围正常组织损伤小，不出血和复发率低，无烟雾，无空气污染。缺点：治疗深度需要熟练的操作者控制，伤口需预防感染。巨大疣体不太适用。
（3）冷冻：适用于单发、小的病损、扁平型的临床类型，缺点：易复发，有时在病灶周围形成自体种植。
（4）光动力疗法：更适用于粘膜、皮肤组织薄嫩处如尿道口、阴道壁、外阴等，优点是安全、有效、复发率低（可清除亚临床感染）、无疼痛或轻微患者耐受性好。
（5） 药物疗法：足叶草脂等具有一定腐蚀性，需要保护好周围正常组织，否则易形成周围正常组织的种植。不太适合粘膜疣的应用。生殖器疣不好辨认的，不宜患者自行用药。
咪喹莫特霜为外用免疫调节剂，优点是腐蚀性不大，患者自行用药，方便，缺点：需要至少4-16周的用药，太费时间，有一定的刺激性，也可以出现皮肤的浅糜烂面，对于大的疣体不建议单独依靠此药治疗。
采用综合治疗可以防治复发，达到临床治愈
（1） 用物理方法尽量去除瘤体。
（2） 应用免疫药物：应用免疫制剂注射和外用等。
以上方法的有效组合应用，随访3-6个月后HPV感染引起的各类皮损可以临床治愈。但是上述方法只适用于各类良性病变，所以HPV感染引起的病变早期发现非常重要，但是也有些HPV感染和各种疣可以自动清除，但医生无法告知哪个患者属于自动清除病毒和自愈的人。
（3）特殊部位感染的治疗：主要指宫颈高危型HPV感染的治疗
目前的科研已经表明：宫颈的高危型HPV持续性感染可以引起宫颈癌。所以如何清除宫颈的感染，及早防治宫颈癌的发生是非常重要的。现行的宫颈癌的预防的手段是早期发现癌前病变，方法有：阴道窥器肉眼观察、宫颈刮片（TCT）、阴道镜（必要时活检病理）、HPVDNA检测等。这些方法只是查出宫颈癌前病变，以便于早期采取治疗办法。但是对于筛查发现的宫颈高危型HPV及轻度的宫颈病变，尤其是对于未生育的年轻女性，当前没有更好的办法以清除病毒和治愈相应的病变。
令人欣慰的是我们经过多年的科研和探索已经探索出一些经验可以治愈宫颈的早期病变和清除病毒，在进一步的科研验证。
