脑膜炎治疗及时一般不会留下后遗症，但如果病情重的话也有可能遗留后遗症。由于病变可引起脑膜粘连和脑实质的损害，因此可以出现颅神经麻痹、失明、听力障碍、肢体瘫痪、癫痫及智力减退等后遗症。因此，脑膜炎一定要学会及时的鉴别和治疗。一般脑膜炎易和以下疾病混淆。
1、化脓性脑膜炎
其中最易混淆者为嗜血流感杆菌脑膜炎，因其多见于2岁以下小儿，脑脊液细胞数有时不甚高，其次为脑膜炎双球菌脑膜炎及肺炎双球菌脑膜炎，鉴别除结核接触史，结素反应及肺部X线检查可助诊断外，重要的还是脑脊淮检查，在细胞数高于外，重要的还是脑脊液检查，在细胞数高于1000×106/L（1000/mm2），且分类中以中性多形核粒细胞占多数时，自应考虑化脓性脑膜炎；但更重要的是细胞学检查。
2、病毒性中枢神经系统感染
主要是病毒性脑炎，病毒性脑膜脑炎及病毒性脊髓炎均可与结脑混淆，其中散发的病毒脑炎比流行性者更需加以鉴别，各种病毒性脑膜炎之诊断要点为：
①常有特定之流行季节，
②各有其特殊的全身表现，如肠道病毒可伴腹泻，皮疹或心肌炎
③脑脊液改变除细胞数及分类与结脑不易鉴别外，生化改变则不相同，病毒性脑膜脑炎脑脊液糖及氯化物正常或稍高，蛋白增高不明显，多低于1g/L（100mg/dl），
④各种病毒性脑炎或脑膜炎有其特异的实验室诊断方法，如血清学检查及病毒分离等（参阅各有关专章节），轻型病毒脑炎和早期结脑鉴别比较困难。
处理原则是：①先用抗结核药物治疗，同时进行各项检查，如结素试验，肺X线片等以协助诊断，②不用激素治疗，如短期内脑脊液恢复正常则多为病毒脑炎而非结脑，③鞘内不注射任何药物，以免引起脑脊液成分改变增加鉴别诊断之困难。
3、新型隐球菌脑膜脑炎
其临床表现，慢性病程及脑脊液改变可酷似结脑，但病程更长，可伴自发缓解，慢性进行性颅压高症状比较突出，与脑膜炎其他表现不平等，本病在小锗较少见故易误诊为结脑，确诊靠脑脊液涂片，用墨汁染色黑地映光法可见圆形，具有厚荚膜折光之隐球菌孢子，沙保培养基上有新型隐球菌生长。
