有时在棘层，基底层或结缔组织内可看到圆形的嗜酸性胶状体，其体积小于棘细胞，但胶状体也可见于盘状红斑狼疮等多种疾病，在电镜下可见基底细胞的桥粒与半桥粒的松解变性，于是导致大量炎症细胞浸润，变性的桥粒可能成为抗原而引起自身免疫反应，所以在直接免疫荧光检查下，有时能在基底膜区出现由免疫复合物沉积所产生的荧光。在诊断过程中，应努力寻找皮肤病变，活检有助于诊断，但基底液化型和锯齿上皮型不如在皮肤上引人注目。
1。皮肤损害 扁平苔藓是许多苔藓类皮肤病中的一种，损害特点为扁平面有光泽的浅紫红色多角形丘疹，丘疹如绿豆大小，边缘境界清楚，质地坚硬干燥，融合后状如苔藓，损害区粗糙，丘疹间可见皮肤皱褶，由于瘙痒故多有搔痕，以石蜡油涂在丘疹表面，在放大镜下观察可看到细白纹，称Wickham纹，皮肤损害的治疗效果一般较粘膜者为优。
2。指甲与（或）趾甲损害 常呈对称性，但十指（趾）甲同时罹患者并不多见，甲体变薄而无光泽，按压时有凹陷，有时在甲床显示红色针尖样小点，压诊疼痛，甲体表面可以表现为细鳞纵沟，点隙，切削面（状如被利刃削去一层而呈平面），严重的指，趾甲损害可使甲体脱落，还可发生溃疡坏死，某些病例除指（趾）甲损害外还可发生脱发。
3。口腔粘膜损害 主要特征为珠光白色条纹，白纹可以向各个方面延伸，整个线条不被红纹“切割”，凡白纹稠密时可交织成网状，稀少时可呈树枝状，也可为单线条或绕成环形，类型虽多，但分型并无重要临床意义，损害往往具有明显的左右对称性，粘膜柔软，弹性正常，但有粗糙感，轻度刺激痛。
（1）网状损害：较多见于磨牙区粘膜与前庭沟，常自后向前蔓延，损害区粘膜的柔性与弹性基本正常，病人自觉粘膜表面粗糙，口唇活动时受牵拉与进食时有轻度刺激痛等，这也是同白色角化病的区别，由于扁平苔藓的主要病理改变是基底细胞液化变性与固有层大量炎症细胞浸润，所以在白纹稠密区域，特别是在前庭沟与颊粘膜区域较多发生充血，并形成上皮下水疱，水疱极易破裂而迅速成为浅表糜烂，通常经局部治疗，糜烂即可愈合而白纹重新出现，所以这种局限性糜烂，仅仅是本病的一种阶段性表现，而不是本病的一种特定类型，白纹稀少区域通常也少发生糜烂，单线条可发生在前庭沟，口底舌腹界，唇红与附着龈，环形偶见于颊粘膜。
（2）丘疹：状如针头大小，微隆，偶见于伴白纹的颊粘膜，但不应与皮脂腺异位症（Fordyce disease）相混淆，因为这二者可以同时存在，异位皮脂腺呈淡黄色颗粒，可以丛集或散在，除了非常浅表的外，一般都隐伏于粘膜下，也无自觉症状，唇红部也是异位皮脂腺的好发区域，一般上唇多见于下唇。
（3）斑块：圆或椭圆形多见，常位于舌背中份或两侧，基本上保持对称，但也可为单侧性，损害区乳头消失而平伏，方块型偶见于有吸烟史者的颊粘膜与（或）附着龈，实际上是一种少见的白色角化病，故戒烟后斑块逐渐消失而白纹重现。
（4）水疱：一般为粟粒状，多见于软腭，但也可发生于其它部位，水疱容易破裂，在一昼夜间又重新出现。
（5）糜烂：糜烂型常见，范围相当广泛，几乎可遍及整个口腔粘膜，虽然，在某些区域尚可隐约显示白纹样损害，由于没有典型表现，故不能为临床提供诊断依据，附着龈的糜烂常可见残留的疱壁，状如“上皮剥脱”，这种具有剥脱性的临床表现可见于多种炎症性疾病（天疱疮，类天疱疮等），所以旧称“剥脱性龈炎”，现在已不作为独立存在的疾病，本型对于抗生素与免疫抑制剂治疗常具有对抗性，必须进行全面的系统性检查，以免贻误诊断与治疗。
4。生殖器粘膜损害 常呈暗红色的圆或椭圆形斑块，表面可见白色网状损害，容易发生糜烂。
