慢性细菌性结膜炎可由急性结膜炎演变而来，或毒力较弱的病原菌感染所致。多见于鼻泪管阻塞或慢性泪囊炎病人，或慢性睑缘炎或睑板腺功能异常者。金黄色葡萄球菌和摩拉克菌是慢性细菌性结膜炎最常见的两种病原体。
根据临床表现、分泌物涂片或结膜刮片等检查，可以诊断。结膜刮片和分泌物涂片通过Gram和Giemsa染色可在显微镜下发现大量多形核白细胞和细菌。为明确病因和指导治疗，对于伴有大量脓性分泌物者、结膜炎严重的儿童和婴儿，及治疗无效者应进行细菌培养和药物敏感试验，有全身症状的还应进行血培养。
慢性细菌性结膜炎一般如何进行诊断?
临床上可根据结膜炎的基本症状和体征如结膜充血、分泌物增多、眼睑肿胀等，作出诊断，但确诊是何病因所致的结膜炎尚需依靠实验室检查。实验室检查包括细胞学、病原体的培养和鉴定，以及免疫学和血清学检查等。
病史对诊断非常重要。感染性结膜炎多双眼发病，常传染至家人或社区人群。急性病毒性结膜炎的患者多于疾病早期出现一眼发病，数天后对侧眼也受累。单眼发病常见于中毒性、药物性或外伤引起的结膜炎。病程对诊断很有帮助，也是常用的结膜炎分类标准。一般而言，病程少于三周者为急性结膜炎，而超过三周者为慢性结膜炎。另外，渗出物的类型和炎症发生的部位亦是明确诊断的重要依据。
慢性细菌性结膜炎的细胞学检查
不同类型的结膜炎，其细胞反应也不相同，结膜分泌物涂片检查Gram染色(鉴别细菌种属)，Giemsa染色(分辨细胞形态、类型)有助于临床诊断。结膜刮片的取材部位应选择在炎症最明显的区域，以提高检出率，如果病变波及睑结膜，则上睑结膜是理想的进行结膜刮片取材的部位。
细菌性结膜炎涂片多形核白细胞占多数。病毒性结膜炎则是单核细胞特别是淋巴细胞占多数。伪膜形成(流行性角结膜炎)时中性粒细胞增多，提示结膜坏死。衣原体结膜炎涂片中性粒细胞和淋巴细胞各占一半。过敏性结膜炎活检标本中见嗜酸和嗜碱性粒细胞，但结膜涂片中数量很少。春季结膜炎上皮细胞中见大量嗜酸性颗粒。
春季结膜炎、遗传性过敏结膜炎和过敏性结膜炎患者泪液中可以检出嗜酸性粒细胞分泌的蛋白产物。各种类型的结膜炎基质中都有浆细胞浸润，通常它们不能通过上皮细胞层，如果上皮层坏死，浆细胞才能到达结膜表面被检出，例如沙眼滤泡破裂后，结膜分泌物涂片和刮片检出浆细胞阳性。结膜刮片找到包涵体也有助于沙眼确诊。