慢性细菌性结膜炎可由急性结膜炎演变而来，或毒力较弱的病原菌感染所致。多见于鼻泪管阻塞或慢性泪囊炎病人，或慢性睑缘炎或睑板腺功能异常者。金黄色葡萄球菌和摩拉克菌是慢性细菌性结膜炎最常见的两种病原体。
根据临床表现、分泌物涂片或结膜刮片等检查，可以诊断。结膜刮片和分泌物涂片通过Gram和Giemsa染色可在显微镜下发现大量多形核白细胞和细菌。为明确病因和指导治疗，对于伴有大量脓性分泌物者、结膜炎严重的儿童和婴儿，及治疗无效者应进行细菌培养和药物敏感试验，有全身症状的还应进行血培养。
去除病因，抗感染治疗，在等待实验室结果时，医生应开始局部使用广谱抗生素，确定致病菌属后给予敏感抗生素。根据病情的轻重可选择结膜囊冲洗、局部用药、全身用药或联合用药。切勿包扎患眼，但可配戴太阳镜以减少光线的刺激。超急性细菌性结膜炎治疗应在诊断性标本收集后立即进行，以减少潜在的角膜及全身感染的发生，局部治疗和全身用药并重。
成人急性或亚急性细菌性结膜炎一般选择滴眼液。儿童则选择眼膏，避免哭泣时滴眼液随眼泪排除，而且其作用时间更长。慢性细菌性结膜炎治疗基本原则与急性结膜炎相似，需长期治疗，疗效取决于患者对治疗方案的依从性。各类型结膜炎波及角膜时应按角膜炎治疗原则处理。
1. 局部治疗
(1)当患眼分泌物多时，可用无刺激性的冲洗剂如3%硼酸水或生理盐水冲洗结膜囊。冲洗时要小心操作，避免损伤角膜上皮，冲洗液勿流入健眼，以免造成交叉传染。
(2)局部充分滴用有效的抗生素眼药水和眼药膏。急性阶段每1～2小时1次。目前常使用广谱氨基苷类或喹诺酮类药物，如0.3%庆大霉素、0.3%妥布霉素、0.3%环丙沙星、0.3%氧氟沙星、0.3%～0.5%左氧氟沙星眼药水或眼药膏。在特殊情况下，可使用合成抗生素滴眼液。如甲氧苯青霉素耐药性葡萄球菌性结膜炎可使用5mg/ml万古霉素滴眼液。慢性葡萄球菌性结膜炎对杆菌肽和红霉素反应良好，还可适当应用收敛剂如0.25%硫酸锌眼药水。
2. 全身治疗:
(1)奈瑟氏菌性结膜炎应全身及时使用足量的抗生素，肌注或静脉给药。淋球菌性结膜炎角膜未波及，成人大剂量肌注青霉素或头孢曲松钠(ceftriaxone，菌必治)1g即可，如果角膜也被感染，加大剂量，1～2g/d，连续5天。青霉素过敏者可用壮观霉素(spectinomycin，淋必治)(2g/d，肌注)。除此之外，还可联合口服1g阿奇霉素或100mg强力霉素，每日2次，持续7天;或喹诺酮类药物(环丙沙星0.5g或氧氟沙星0.4g，每日2次，连续5天)。
新生儿用青霉素G 100 000U/(kg·d), 静脉滴注或分4次肌注，共7天。或用头孢曲松钠(0.125克，肌注)、头孢噻肟钠(cefotaxime，25mg/kg，静注或肌注)，每8小时或12小时1次，连续7天。
大约1/5外源性(原发性)脑膜炎球菌性结膜炎可引起脑膜炎球菌血症，单纯局部治疗患者发生菌血症的几率比联合全身用药患者高20倍。因此必须联合全身治疗。脑膜炎球菌性结膜炎可静脉注射或肌注青霉素。青霉素过敏者可用氯霉素代替。2天内可有明显疗效。有脑膜炎球菌性结膜炎患者接触史者应进行预防性治疗，可口服利福平每日2次持续2天，推荐剂量是成人600mg，儿童10mg/kg。
(2)流感嗜血杆菌感染而致的急性细菌性结膜炎，或伴有咽炎、急性化脓性中耳炎的患者局部用药的同时应口服头孢类抗生素或利福平。
(3) 慢性结膜炎的难治性病例和伴有酒糟鼻患者需口服强力霉素100mg， 1～2次/日，持续数月。