肛窦炎的原因很复杂，这也是治疗的一个难点。肛窦炎的治疗原则是什么？
益气举陷：凡出现肛门坠肿不适，有时粘液溢出肛门外，质清稀。或面色恍白，少气懒言。或纳少便溏。舌质淡、苔白，脉细弱的病人，多因气虚下陷所致。治宜益气举陷。
清热利湿：凡出现肛门潮湿不适，偶有刺痛，便时加重，粘液量多，且大便次数增多；或腹痛即泻，泻下烙肛气秽，粪色黄褐。或心烦口渴，小便短赤，舌红，苔黄腻，脉濡滑的病人。多因湿热下注所致。
清热解毒：凡出现肛门灼痛，皮肤红肿、糜烂，并感疼痛。便时加重；或腹泻、大便燥结，舌红、苔黄，脉数的病人，多因肛门热毒所致。治宜清热解毒。
滋阴清热：凡出现肛门不适，似痛非痛，似胀非胀，便时痛胀加重，粘液混有血丝，或手足潮热、盗汗、口干；或大便秘结，舌红苔黄或少苔，脉细数的病人，多因阴虚内热所致。治宜滋阴清热。
①手术疗法
肛窦炎经药物治疗无效，或肛窦内已成脓肿，或并有肛乳头肥大和隐性瘘管的病人，宜采用手术洽疗，只要的治疗方法有肛窦切开术和肛窦切除术。
（1）肛窦切开术，适用于单纯隐窝炎，或已成脓，或伴有隐性瘘管的病人。
操作方法：先将肛门部消毒，在局麻或腰俞穴麻醉下，病人取截石位或俩卧位，在肛门镜下，暴露病灶，沿肛窦作纵形切口，使引流通畅。创口用黄连素膏纱条或生肌玉红膏油纱条进行压迫止血。病人术后每日便后坐浴，局部用生肌玉红膏换药。
（2）肛窦切除术，适用于肛窦炎伴有乳头肥大的病人。操作方法：先在肛门部消毒，在局麻或腰俞穴麻醉下，病人取截石位或侧卧位，在双叶肛门镜下，暴 露病灶，将肛窦、肛门瓣作纵形切口长约1cm，深达切断部分内括约肌，清除感染的肛腺及其导管，结扎出血点，用弯止血钳夹住切口一侧肛管及粘膜，连同增生 的肛乳头一起结扎。然后用同法处理对侧切口，术后处理同上。
②保守疗法
可以温盐水坐浴局部，使局部保持清洁，并可在肛窦底部涂5%～10%硝酸银溶液，每日1次。也可用橄榄油30～60mL灌肠。
同时可口服抗生素，治疗引起该病的腹泻等肠道感染；或使用缓泻剂，使粪便排泄正常，如麻仁润肠丸等。
由于肛窦的解剖及生理特点，其窦口向上，积存的粪便残渣及脓汁不能完全排出，多不能完全治愈，只能减轻症状。