临床上肛窦炎和肛乳头肥大常常是伴在一起发生的。直肠从中部往下端逐渐变细缩窄，随着肠腔在肛门处的收缩，肠壁的粘膜就像人衣服的袖口一样折叠起来，形成许多纵长隆起的皱襞，医学上叫直肠柱或肛柱。两个柱底之间靠一个半月形皱襞相连，这个半月形皱襞叫肛门瓣。两个直肠柱与肛门瓣之间形成了一个漏斗状开口向上的凹陷小窝，这个小窝就是肛窦，又叫肛隐窝。在直肠柱与肛管相连的齿状线上，直肠柱末端的粘膜与肛管皮肤形成了数个圆锥状突起，呈黄白色的小乳头，就是肛乳头。
肛窦底部有能够分泌液体的肛门腺和肛门腺导管，平时能分泌出粘性液体，润滑大便和保护直肠肛门。由于肛窦像一个漏斗，开口向上张着，粪便和其他脏东西，就很容易积存在窦里，同时也容易被硬的粪便擦伤弄破。细菌侵入之后就会引起肛窦内感染，并沿着肛门腺导管和肛门腺蔓延，所以肛窦炎又是引起多种肛门直肠病的根源，如肛门直肠周围脓肿、肛瘘、肛裂、痔疮、肛乳头炎等，肛管上皮癌的发生，也与慢性肛窦炎症的刺激有关。
那么，肛窦炎有哪些治疗方法呢？
保守疗法
可以温盐水坐浴局部，使局部保持清洁，并可在肛窦底部涂5%～10%硝酸银溶液，每日1次。也可用橄榄油30～60mL灌肠。也可以使用各种痔疮栓和痔疮膏。同时可口服抗生素，治疗引起该病的腹泻等肠道感染；或使用缓泻剂，使粪便排泄正常，如麻仁润肠丸等。由于肛窦的解剖及生理特点，其窦口向上，积存的粪便残渣及脓汁不能完全排出，多不能完全治愈，只能减轻症状。
1、饮食调节，多食蔬菜水果，多饮水，禁食辣椒，禁止饮酒，
2、保持大便通畅，防止便秘。便秘可适当用润肠类制剂，也可用开塞露。
3、适当内服消炎药。
4、局部应用痔疮栓。
5、药物灌肠。
6、保持肛门清洁，早晚各盐水坐浴一次。
手术疗法
肛窦炎经药物治疗无效，或肛窦内已成脓肿，或并有肛乳头肥大和隐性瘘管的病人，宜采用手术洽疗，只要的治疗方法有肛窦切开术和肛窦切除术。
（1）肛窦切开术
适用于单纯隐窝炎，或已成脓，或伴有隐性瘘管的病人。
操作方法：先将肛门部消毒，在局麻或腰俞穴麻醉下，病人取截石位或俩卧位，在肛门镜下，暴露病灶，沿肛窦作纵形切口，使引流通畅。创口用黄连素膏纱条或生肌玉红膏油纱条进行压迫止血。病人术后每日便后坐浴，局部用生肌玉红膏换药。
（2）肛窦切除术
适用于肛窦炎伴有乳头肥大的病人。
操作方法：先在肛门部消毒，在局麻或腰俞穴麻醉下，病人取截石位或侧卧位，在双叶肛门镜下，暴露病灶，将肛窦、肛门瓣作纵形切口长约1cm，深达切断部分内括约肌，清除感染的肛腺及其导管，结扎出血点，用弯止血钳夹住切口一侧肛管及粘膜，连同增生的肛乳头一起结扎。然后用同法处理对侧切口，术后处理同上。
肛窦炎自疗法
肛窦炎又称肛隐窝炎、肛腺炎，是由于肛窦位于直肠末端与肛管的交接部空间狭小，加之其为一组环形凹陷，易受干硬粪便或粪便中的异物（鱼刺、竹签、骨头等）损伤，进而感染、化脓。 肛窦炎如未能及时治愈易导致肛周脓肿、肛瘘，产生肛周反复红肿、疼痛、溃脓等症状。
如果肛窦炎尚未达到手术治疗的程度，可根据医生指导采取保守疗法：花椒煮水或中药（防风、白芷、川椒、黄柏、陈皮、甘草各10克，蛇床子8克，苦参18克，黄连6克，水煎两次，并取汁500毫升，100毫升/次，兑半盆温水）坐浴局部。肛门内注水抗素软膏，每日2～3次。同时可口服新癀片4片，2次/日，饮后服。同时治疗引起该病的腹泻等肠道感染，或使用缓泻剂，如麻仁润肠丸等，使粪便排泄正常。