肺炎衣原体为新发现的一种衣原体，主要引起呼吸道和肺部感染。衣原体肺炎的治疗原则与一般肺炎的治疗原则大致相同。

采用大环内酯类抗生素治疗有效，喹诺酮类也有效。但是，如果（不知何故）明确诊断为肺炎衣原体肺炎者，则优先选用多西环素治疗。有趣的是肺炎衣原体除了引起肺炎外，很多研究人员怀疑该病原菌在哮喘、动脉硬化及阿尔茨海默病的发病中起一定作用。

相对而言，鹦鹉热衣原体感染是一种不常见的人畜共患疾病，鹦鹉是鹦鹉热衣原体主要的储藏库，但是家禽也有导致感染的风险。接触被感染的鸟类是感染鹦鹉热衣原体的必要条件。感染了鹦鹉热衣原体，即患鹦鹉热，可为一种严重疾病并可导致患者死亡。对肺炎衣原体有效的抗生素同样对鹦鹉热衣原体有效。鹦鹉热的诊断可能比较困难，因为没有实时的确诊检验方法。对于有接触家禽或鹦鹉家族的鸟类病史的患者，应高度警惕感染该病原微生物的可能。

注意加强护理和休息，保持室内空气新鲜，并保持适当室温及湿度。保持呼吸道通畅，经常翻身更换体位。烦躁不安可加重缺氧，故可给适量的镇静药物。供给热量丰富并含有丰富维生素、易于消化吸收的食物及充足水分。

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